/GabeditSrc240/utils/QChem/submitQChem

#!/bin/ksh
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#                                                                 #
#  Script ksh pour lancer un calcul Q-Chem   en batch               #
#                                                                 #
###################################################################

nodename=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
filename=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
nodeslist="node0 node1 node2 node4 node5 node6 node7"

jobtime=800:0:0


if [ -z "$filename" ] || [ -z "$jobtime" ] 
then
   clear
   echo " " 
   echo "==========================================="
   echo "                 submitQChem "
   echo " Pour toutes questions contacter : "
   echo " A.R. Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr"
   echo "==========================================="
   echo "vous devez fournir :"
   echo "      - le nom du noeud ($nodeslist)"
   echo "      - le nom du fichier(y compris l'extension .in)"
   echo "-------------------------------------------"
   echo "Exemple:"
   echo "       submitQChem node7 h2.in "
   echo "       fichier de donnees         : h2.in"
   echo "==========================================="
   echo " " 
   exit 1
fi
ok="false"
for item in $nodeslist ; do
   if [ $nodename = $item ]
   then
     ok="true"
     break
   fi
done
if [ $ok = "false" ]
then
   echo "================================================================"
   echo "Sorry $ndoename is not a supported node"
   echo "Here is the list of supported nodes : $nodeslist"
   echo "================================================================"
   exit 1
fi

filecom=$filename
filename=${filecom%.in}
[ "$filename" = "$filecom" ] && filename=${filecom%.inp}
fileout=$filename.out

DEFAULTDIR=`pwd`
TEMPDIR=/tmp
nameUser=$LOGNAME
if test ! -s "$filecom"
then
   echo " " 
   echo "============================================"
   echo "le fichier $filecom est introuvable(ou vide)"
   echo "============================================"
   echo " " 
   exit 2
fi

endof=EOF
cat > $filename.pbs <<EOF
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=$nodename
#PBS -j oe
#PBS -N $filename
#PBS -l walltime=$jobtime
#PBS -o $filename.pbsout
                                                                                
export QC=/home/theochem/rabillou/QChem;
if [ -e \$QC/bin/qchem.setup.sh ] ; then
    . \$QC/bin/qchem.setup.sh
fi
export QCAUX=\$QC/aux;
#export ONEEXE="-DONEEXE";
#export QCLOCALSCR= $PBSTMPDIR;
mkdir /tmp/$USER
rm -fr /tmp/$USER/$filename
mkdir /tmp/$USER/$filename
export QCSCRATCH=/tmp/$USER/$filename
cd $DEFAULTDIR
\$QC/bin/qchem $filecom $fileout
EOF

qsub $filename.pbs
echo " " 
echo "==================================================================="
echo " " 
echo "Un fichier $filename.pbs a ete cree pour lancer le calcul"
echo "Ne pas effacer ce fichier avant la fin du calcul"
echo " " 
echo "-------------------------------------------------------------------"
echo " " 
echo "pour avoir des informations sur vos job taper : qstat "
echo " " 
echo "pour detruire un job taper : qdel num.master0.alin"
echo "   num.master0.alin est le Job Id fourni par qstat" 
echo " " 
echo "==================================================================="
echo " "