/GabeditSrc240/utils/Gaussian/PBS/submitGaussian

#!/bin/ksh
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#                                                                 #
#  Script ksh pour lancer un calcul Gaussian en batch             #
#  Auteur:  A-R Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr             #
#  LASIM, Villeurbanne                                            #
#  Ecriture : September 2004                                      #
#                                                                 #
###################################################################

jobtime=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
filename=$1 ; [ 0 = $# ] || shift

if [ -z "$filename" ] || [ -z "$jobtime" ]
then
   clear
   echo " " 
   echo "==========================================="
   echo "                 submitGaussian "
   echo " Pour toutes questions contacter : "
   echo " A.R. Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr"
   echo "==========================================="
   echo "vous devez fournir :"
   echo "      - le temps de calcul( hh:mm:ss)"
   echo "      - le nom du fichier(y compris l'extension .com)"
   echo "-------------------------------------------"
   echo "Exemple:"
   echo "       submitGaussian 2:00:00 h2.com "
   echo "       fichier de donnees         : h2.com"
   echo "       Temps de calcul(maximum)   : 2 heurs"
   echo "==========================================="
   echo " " 
   exit 1
fi
filecom=$filename
filename=${filecom%.com}
DEFAULTDIR=`pwd`
g98root=/data/logiciels/Gaussian
if test ! -s "$filecom"
then
   echo " " 
   echo "============================================"
   echo "le fichier $filecom est introuvable(ou vide)"
   echo "============================================"
   echo " " 
   exit 2
fi

endof=EOF
cat > $filename.pbs <<EOF
#!/bin/sh
#PBS -j oe
#PBS -N $filename
#PBS -l walltime=$jobtime
#PBS -o $filename.pbsout
g98root=/data/logiciels/Gaussian
export g98root
PGI=/data/logiciels/PGI
export PGI
mkdir /tmp/$LOGNAME
mkdir /tmp/$LOGNAME/$filename
GAUSS_SCRDIR=/tmp/$LOGNAME/$filename
export GAUSS_SCRDIR
. /data/logiciels/Gaussian/g98/bsd/g98.profile
cd $DEFAULTDIR
/data/logiciels/Gaussian/g98/g98 "$DEFAULTDIR/$filecom" 
EOF

qsub $filename.pbs
echo " " 
echo "==================================================================="
echo " " 
echo "Un fichier $filename.pbs a ete cree pour lancer le calcul"
echo "Ne pas effacer ce fichier avant la fin du calcul"
echo " " 
echo "-------------------------------------------------------------------"
echo " " 
echo "pour avoir des informations sur vos job taper : qstat "
echo " " 
echo "pour detruire un job taper : qdel num.master0.alin"
echo "   num.master0.alin est le Job Id fourni par qstat" 
echo " " 
echo "==================================================================="
echo " "