/cistromescripts/bioc.R

https://bitbucket.org/cistrome/cistrome-harvard/ · R · 37 lines · 37 code · 0 blank · 0 comment · 0 complexity · 70c82a4802acd56c8dc1397847135418 MD5 · raw file 

    

  1. source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

    2. 

  2. biocLite("affy")

    3. 

  3. biocLite("AffyExpress")

    4. 

  4. biocLite("Category")

    5. 

  5. biocLite("Biobase")

    6. 

  6. biocLite("graph")

    7. 

  7. biocLite("annotate")

    8. 

  8. biocLite("ArrayExpress")

    9. 

  9. biocLite("GEOquery")

    10. 

  10. biocLite("oligo")

    11. 

  11. biocLite("geneplotter")

    12. 

  12. biocLite("gcrma")

    13. 

  13. biocLite("maqcExpression4plex")

    14. 

  14. biocLite("genefilter")

    15. 

  15. biocLite("multtest")

    16. 

  16. biocLite("limma")

    17. 

  17. biocLite("pd.hg18.60mer.expr") # Platform Design Info for NimbleGen hg18_60mer_expr

    18. 

  18. biocLite("annaffy")

    19. 

  19. biocLite("GO.db") 

    20. 

  20. biocLite("GOstats") # requieres libxml2-dev installed! sudo apt-get install libxml2-dev

    21. 

  21. biocLite("hgu133a")

    22. 

  22. biocLite("hgu133b")

    23. 

  23. biocLite("hgu133plus2.db")

    24. 

  24. biocLite("hgu95av2")

    25. 

  25. biocLite("mouse430a2.db")

    26. 

  26. biocLite("mouse4302.db")

    27. 

  27. biocLite("celegans.db")

    28. 

  28. biocLite("drosophila2.db")

    29. 

  29. biocLite("org.Hs.eg.db")

    30. 

  30. biocLite("org.Mm.eg.db")

    31. 

  31. biocLite("org.Ce.eg.db")

    32. 

  32. biocLite("org.Dm.eg.db")

    33. 

  33. biocLite("gplots")

    34. 

  34. biocLite("seqLogo")

    35. 

  35. biocLite("foreach")

    36. 

  36. biocLite("oligoClasses") 

    37. 

  37. save.image()
    38.