/test-data/cuffdiff_out5.txt

https://bitbucket.org/cistrome/cistrome-harvard/ · Plain Text · 99 lines · 99 code · 0 blank · 0 comment · 0 complexity · 3a089987bb9a497282323ceff107d791 MD5 · raw file 

    

  1. tracking_id	class_code	nearest_ref_id	gene_id	gene_short_name	tss_id	locus	length	coverage	status	q1_FPKM	q1_conf_lo	q1_conf_hi	q2_FPKM	q2_conf_lo	q2_conf_hi
    2. 

  2. TCONS_00000001	c	Xkr4	XLOC_000001	-	-	chr1:3204754-3204833	79	-	OK	0	0	0	5.42247e+06	0	1.3091e+07
    3. 

  3. TCONS_00000002	-	-	XLOC_000002	-	-	chr1:3111449-3111490	41	-	OK	0	0	0	1.39654e+08	0	4.18963e+08
    4. 

  4. TCONS_00000003	-	-	XLOC_000003	-	-	chr1:3111545-3111576	31	-	OK	0	0	0	0	0	0
    5. 

  5. TCONS_00000004	-	-	XLOC_000007	-	-	chr1:3189810-3190789	142	-	OK	2.49256e+06	0	5.08341e+06	5.29759e+06	686576	9.90861e+06
    6. 

  6. TCONS_00000005	-	-	XLOC_000007	-	-	chr1:3189810-3190789	31	-	OK	0	0	0	0	0	0
    7. 

  7. TCONS_00000006	-	-	XLOC_000007	-	-	chr1:3189810-3190789	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    8. 

  8. TCONS_00000007	-	-	XLOC_000009	-	-	chr1:3191512-3192077	131	-	OK	2.77423e+06	0	5.7461e+06	6.7156e+06	774909	1.26563e+07
    9. 

  9. TCONS_00000008	-	-	XLOC_000009	-	-	chr1:3191512-3192077	69	-	OK	1.11098e+07	0	3.60229e+07	3.03942e+07	0	6.3641e+07
    10. 

  10. TCONS_00000009	-	-	XLOC_000011	-	-	chr1:3192441-3192494	53	-	OK	0	0	0	5.56023e+07	0	1.19806e+08
    11. 

  11. TCONS_00000010	-	-	XLOC_000012	-	-	chr1:3192550-3192629	79	-	OK	0	0	0	2.71123e+06	0	8.1337e+06
    12. 

  12. TCONS_00000011	-	-	XLOC_000014	-	-	chr1:3192731-3192811	80	-	OK	0	0	0	0	0	0
    13. 

  13. TCONS_00000012	-	-	XLOC_000015	-	-	chr1:3192940-3193042	102	-	OK	0	0	0	3.93442e+06	0	8.47748e+06
    14. 

  14. TCONS_00000013	-	-	XLOC_000016	-	-	chr1:3194185-3194226	41	-	OK	0	0	0	1.39654e+08	0	4.18963e+08
    15. 

  15. TCONS_00000014	-	-	XLOC_000017	-	-	chr1:3194302-3194329	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    16. 

  16. TCONS_00000015	-	-	XLOC_000019	-	-	chr1:3195083-3195110	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    17. 

  17. TCONS_00000016	-	-	XLOC_000020	-	-	chr1:3195450-3195477	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    18. 

  18. TCONS_00000017	-	-	XLOC_000021	-	-	chr1:3197089-3197116	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    19. 

  19. TCONS_00000018	-	-	XLOC_000022	-	-	chr1:3197246-3197273	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    20. 

  20. TCONS_00000019	-	-	XLOC_000023	-	-	chr1:3197346-3197373	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    21. 

  21. TCONS_00000020	-	-	XLOC_000025	-	-	chr1:3200022-3200191	169	-	OK	460348	0	991912	460348	0	991912
    22. 

  22. TCONS_00000021	-	-	XLOC_000026	-	-	chr1:3200325-3200352	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    23. 

  23. TCONS_00000022	-	-	XLOC_000029	-	-	chr1:3201077-3201481	404	-	OK	37206.6	0	80169.2	186033	15366.6	356700
    24. 

  24. TCONS_00000023	-	-	XLOC_000031	-	-	chr1:3201672-3201699	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    25. 

  25. TCONS_00000024	i	Xkr4	XLOC_000034	-	-	chr1:3212213-3212292	79	-	OK	0	0	0	5.42247e+06	0	1.3091e+07
    26. 

  26. TCONS_00000025	i	Xkr4	XLOC_000035	-	-	chr1:3212367-3212439	72	-	OK	0	0	0	1.60978e+07	0	3.46859e+07
    27. 

  27. TCONS_00000026	i	Xkr4	XLOC_000037	-	-	chr1:3213095-3213192	97	-	OK	2.38694e+06	0	5.76259e+06	1.19347e+06	0	3.58042e+06
    28. 

  28. TCONS_00000027	i	Xkr4	XLOC_000040	-	-	chr1:3242633-3242923	290	-	OK	27029.9	0	81089.8	243269	0	494190
    29. 

  29. TCONS_00000028	i	Xkr4	XLOC_000042	-	-	chr1:3243018-3243079	61	-	OK	0	0	0	1.73712e+07	0	4.19378e+07
    30. 

  30. TCONS_00000029	i	Xkr4	XLOC_000044	-	-	chr1:3243347-3243401	54	-	OK	0	0	0	3.32455e+07	0	8.02618e+07
    31. 

  31. TCONS_00000030	i	Xkr4	XLOC_000046	-	-	chr1:3256974-3257011	37	-	OK	0	0	0	1.34946e+09	0	3.25789e+09
    32. 

  32. TCONS_00000031	i	Xkr4	XLOC_000048	-	-	chr1:3277190-3277218	28	-	OK	0	0	0	0	0	0
    33. 

  33. TCONS_00000032	i	Xkr4	XLOC_000049	-	-	chr1:3277913-3278390	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    34. 

  34. TCONS_00000033	i	Xkr4	XLOC_000052	-	-	chr1:3280686-3280741	55	-	OK	0	0	0	1.49798e+07	0	4.49395e+07
    35. 

  35. TCONS_00000034	i	Xkr4	XLOC_000057	-	-	chr1:3290488-3290553	65	-	OK	0	0	0	6.39146e+06	0	1.91744e+07
    36. 

  36. TCONS_00000035	i	Xkr4	XLOC_000059	-	-	chr1:3290919-3291273	84	-	OK	6.40392e+06	0	1.55816e+07	0	0	0
    37. 

  37. TCONS_00000036	i	Xkr4	XLOC_000059	-	-	chr1:3290919-3291273	98	-	OK	1.2964e+06	0	4.55711e+06	1.46758e+06	0	4.47705e+06
    38. 

  38. TCONS_00000037	i	Xkr4	XLOC_000060	-	-	chr1:3299443-3299664	55	-	OK	0	0	0	0	0	0
    39. 

  39. TCONS_00000038	i	Xkr4	XLOC_000062	-	-	chr1:3300051-3300078	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    40. 

  40. TCONS_00000039	i	Xkr4	XLOC_000065	-	-	chr1:3318999-3319051	52	-	OK	0	0	0	0	0	0
    41. 

  41. TCONS_00000040	i	Xkr4	XLOC_000068	-	-	chr1:3355887-3356119	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    42. 

  42. TCONS_00000041	i	Xkr4	XLOC_000071	-	-	chr1:3363214-3363278	64	-	OK	0	0	0	0	0	0
    43. 

  43. TCONS_00000042	i	Xkr4	XLOC_000073	-	-	chr1:3363753-3363849	96	-	OK	0	0	0	0	0	0
    44. 

  44. TCONS_00000043	i	Xkr4	XLOC_000075	-	-	chr1:3367135-3367162	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    45. 

  45. TCONS_00000044	i	Xkr4	XLOC_000077	-	-	chr1:3367333-3367382	49	-	OK	0	0	0	0	0	0
    46. 

  46. TCONS_00000045	i	Xkr4	XLOC_000080	-	-	chr1:3377211-3377262	51	-	OK	0	0	0	0	0	0
    47. 

  47. TCONS_00000046	i	Xkr4	XLOC_000083	-	-	chr1:3391325-3391352	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    48. 

  48. TCONS_00000047	i	Xkr4	XLOC_000084	-	-	chr1:3435841-3435880	39	-	OK	0	0	0	0	0	0
    49. 

  49. TCONS_00000048	i	Xkr4	XLOC_000085	-	-	chr1:3447761-3447788	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    50. 

  50. TCONS_00000049	i	Xkr4	XLOC_000086	-	-	chr1:3450906-3450965	59	-	OK	0	0	0	0	0	0
    51. 

  51. TCONS_00000050	i	Xkr4	XLOC_000087	-	-	chr1:3451051-3451109	58	-	OK	0	0	0	0	0	0
    52. 

  52. TCONS_00000051	-	-	XLOC_000004	-	-	chr1:3174765-3174792	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    53. 

  53. TCONS_00000052	-	-	XLOC_000005	-	-	chr1:3187401-3187428	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    54. 

  54. TCONS_00000053	-	-	XLOC_000006	-	-	chr1:3188521-3188548	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    55. 

  55. TCONS_00000054	-	-	XLOC_000007	-	-	chr1:3189810-3190789	979	-	OK	171639	69105.7	274173	239968	172568	307367
    56. 

  56. TCONS_00000055	-	-	XLOC_000008	-	-	chr1:3190858-3191434	576	-	OK	227564	66605.9	388523	240951	73918.5	407983
    57. 

  57. TCONS_00000056	-	-	XLOC_000009	-	-	chr1:3191512-3192077	565	-	OK	175955	38281.8	313628	319423	117942	520904
    58. 

  58. TCONS_00000057	-	-	XLOC_000010	-	-	chr1:3192250-3192336	86	-	OK	1.91712e+06	0	5.75136e+06	1.91712e+06	0	5.75136e+06
    59. 

  59. TCONS_00000058	-	-	XLOC_000013	-	-	chr1:3192649-3192676	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    60. 

  60. TCONS_00000059	-	-	XLOC_000018	-	-	chr1:3194706-3194733	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    61. 

  61. TCONS_00000060	-	-	XLOC_000024	-	-	chr1:3197425-3197452	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    62. 

  62. TCONS_00000061	-	-	XLOC_000027	-	-	chr1:3200430-3200457	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    63. 

  63. TCONS_00000062	-	-	XLOC_000028	-	-	chr1:3201007-3201039	32	-	OK	0	0	0	0	0	0
    64. 

  64. TCONS_00000063	-	-	XLOC_000029	-	-	chr1:3201077-3201481	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    65. 

  65. TCONS_00000064	-	-	XLOC_000030	-	-	chr1:3201596-3201666	70	-	OK	9.11292e+06	0	2.20005e+07	0	0	0
    66. 

  66. TCONS_00000065	-	-	XLOC_000032	-	-	chr1:3201725-3201809	84	-	OK	8.43162e+06	0	1.81676e+07	0	0	0
    67. 

  67. TCONS_00000066	i	Xkr4	XLOC_000033	-	-	chr1:3211521-3211561	40	-	OK	0	0	0	0	0	0
    68. 

  68. TCONS_00000067	i	Xkr4	XLOC_000036	-	-	chr1:3212717-3212801	84	-	OK	2.10791e+06	0	6.32372e+06	0	0	0
    69. 

  69. TCONS_00000068	i	Xkr4	XLOC_000038	-	-	chr1:3240606-3240633	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    70. 

  70. TCONS_00000069	i	Xkr4	XLOC_000039	-	-	chr1:3242479-3242512	33	-	OK	0	0	0	0	0	0
    71. 

  71. TCONS_00000070	i	Xkr4	XLOC_000041	-	-	chr1:3242924-3243005	81	-	OK	0	0	0	0	0	0
    72. 

  72. TCONS_00000071	i	Xkr4	XLOC_000043	-	-	chr1:3243108-3243154	46	-	OK	4.79961e+07	0	1.43988e+08	0	0	0
    73. 

  73. TCONS_00000072	i	Xkr4	XLOC_000045	-	-	chr1:3254079-3254106	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    74. 

  74. TCONS_00000073	i	Xkr4	XLOC_000047	-	-	chr1:3277155-3277182	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    75. 

  75. TCONS_00000074	i	Xkr4	XLOC_000049	-	-	chr1:3277913-3278390	477	-	OK	127495	8942.18	246048	27320.3	0	58867.2
    76. 

  76. TCONS_00000075	i	Xkr4	XLOC_000050	-	-	chr1:3280117-3280144	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    77. 

  77. TCONS_00000076	i	Xkr4	XLOC_000051	-	-	chr1:3280498-3280525	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    78. 

  78. TCONS_00000077	i	Xkr4	XLOC_000053	-	-	chr1:3282504-3282531	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    79. 

  79. TCONS_00000078	i	Xkr4	XLOC_000054	-	-	chr1:3282650-3282677	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    80. 

  80. TCONS_00000079	i	Xkr4	XLOC_000055	-	-	chr1:3282760-3282832	72	-	OK	0	0	0	0	0	0
    81. 

  81. TCONS_00000080	i	Xkr4	XLOC_000056	-	-	chr1:3284966-3284993	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    82. 

  82. TCONS_00000081	i	Xkr4	XLOC_000058	-	-	chr1:3290798-3290859	61	-	OK	8.68561e+06	0	2.60568e+07	0	0	0
    83. 

  83. TCONS_00000082	i	Xkr4	XLOC_000059	-	-	chr1:3290919-3291273	354	-	OK	95795.4	0	201253	28263.3	0	76569.5
    84. 

  84. TCONS_00000083	i	Xkr4	XLOC_000060	-	-	chr1:3299443-3299664	197	-	OK	449954	0	952175	89990.7	0	269972
    85. 

  85. TCONS_00000084	i	Xkr4	XLOC_000061	-	-	chr1:3299691-3299733	42	-	OK	0	0	0	0	0	0
    86. 

  86. TCONS_00000085	i	Xkr4	XLOC_000063	-	-	chr1:3307748-3307775	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    87. 

  87. TCONS_00000086	i	Xkr4	XLOC_000064	-	-	chr1:3318620-3318647	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    88. 

  88. TCONS_00000087	i	Xkr4	XLOC_000066	-	-	chr1:3330527-3330554	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    89. 

  89. TCONS_00000088	i	Xkr4	XLOC_000067	-	-	chr1:3351240-3351311	71	-	OK	4.27915e+06	0	1.28374e+07	0	0	0
    90. 

  90. TCONS_00000089	i	Xkr4	XLOC_000068	-	-	chr1:3355887-3356119	212	-	OK	281197	0	605895	0	0	0
    91. 

  91. TCONS_00000090	i	Xkr4	XLOC_000069	-	-	chr1:3356180-3356225	45	-	OK	5.72196e+07	0	1.71659e+08	0	0	0
    92. 

  92. TCONS_00000091	i	Xkr4	XLOC_000070	-	-	chr1:3363076-3363176	100	-	OK	2.1224e+06	0	5.12392e+06	0	0	0
    93. 

  93. TCONS_00000092	i	Xkr4	XLOC_000072	-	-	chr1:3363387-3363446	59	-	OK	3.08417e+07	0	6.64547e+07	0	0	0
    94. 

  94. TCONS_00000093	i	Xkr4	XLOC_000074	-	-	chr1:3364871-3364919	48	-	OK	3.50371e+07	0	1.05111e+08	0	0	0
    95. 

  95. TCONS_00000094	i	Xkr4	XLOC_000076	-	-	chr1:3367210-3367237	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    96. 

  96. TCONS_00000095	i	Xkr4	XLOC_000078	-	-	chr1:3369580-3369607	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    97. 

  97. TCONS_00000096	i	Xkr4	XLOC_000079	-	-	chr1:3375001-3375028	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    98. 

  98. TCONS_00000097	i	Xkr4	XLOC_000081	-	-	chr1:3379888-3379915	27	-	OK	0	0	0	0	0	0
    99. 

  99. TCONS_00000098	i	Xkr4	XLOC_000082	-	-	chr1:3386739-3386836	97	-	OK	0	0	0	0	0	0
    100.