/test-data/test_filter_quality_9_DP_2000_lt.vcf
Unknown | 1001 lines | 1001 code | 0 blank | 0 comment | 0 complexity | 18532f628b81b8b4d046638d32c37a48 MD5 | raw file
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8##vcfPytools=
9##vcfPytools=filtered using the following filters: DP2000
10##INFO=<ID=REPEAT,Number=1,Type=String,Description="Description of the local repeat structures flanking the current position">
11##INFO=<ID=DEL,Number=1,Type=Integer,Description="Length of deletion allele, if present">
12##INFO=<ID=INS,Number=1,Type=Integer,Description="Length of insertion allele, if present">
13##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
14##INFO=<ID=TV,Number=0,Type=Flag,Description="transversion SNP">
15##INFO=<ID=TS,Number=0,Type=Flag,Description="transition SNP">
16##INFO=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
17##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
18##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
19##INFO=<ID=ABA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the alternate allele">
20##INFO=<ID=AC,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
21##INFO=<ID=AB,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
22##INFO=<ID=AF,Number=1,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
23##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
24##INFO=<ID=ABR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the reference allele">
25##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
26##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
27##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
28##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Integer,Description="Length of MNP allele, if present">
29##INFO=<ID=SNP,Number=0,Type=Flag,Description="SNP allele">
30##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
31##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
32##FORMAT=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
33##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
34##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
35##FORMAT=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
36##FORMAT=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
37##FORMAT=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
38##FORMAT=<ID=GL,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
39##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
40#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO
4120 60479 . C T 75.2 PASS NS=368;DP=2111;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2096;AA=9;SR=1153|943;SA=5|4;SB=0.55556;AB=0.47059;ABR=8;ABA=9;RUN=2;SNP;TS
4220 60571 . C A 99.0 PASS NS=366;DP=2338;AC=6;AN=732;AF=0.0081967;RA=2293;AA=30;SR=1123|1170;SA=19|11;SB=0.63333;AB=0.51515;ABR=17;ABA=16;RUN=1;SNP;TV
4320 60828 . T G 8.94 Q9 NS=361;DP=2341;AC=3;AN=722;AF=0.0041551;RA=2267;AA=30;SR=1101|1166;SA=15|15;SB=0.5;AB=0.16667;ABR=1;ABA=4;RUN=3;SNP;TV
4420 61098 . C T 99.0 DP2000 NS=366;DP=1780;AC=140;AN=732;AF=0.19126;RA=1457;AA=317;SR=600|857;SA=132|185;SB=0.4164;AB=0.56587;ABR=262;ABA=198;RUN=2;SNP;TS
4520 61270 . A C 1.01 Q9;DP2000 NS=220;DP=449;AC=18;AN=440;AF=0.040909;RA=423;AA=23;SR=165|258;SA=6|17;SB=0.26087;AB=0.61111;ABR=11;ABA=7;RUN=1;SNP;TV
4620 61388 . T C 46.6 DP2000 NS=314;DP=1036;AC=2;AN=628;AF=0.0031847;RA=1025;AA=6;SR=709|316;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=5;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
4720 61409 . A G 36.0 DP2000 NS=340;DP=1212;AC=1;AN=680;AF=0.0014706;RA=1207;AA=4;SR=876|331;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
4820 61517 . C T 13.8 PASS NS=363;DP=2032;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2019;AA=7;SR=1200|819;SA=7|0;SB=1;AB=0.72727;ABR=8;ABA=3;RUN=4;SNP;TS
4920 61535 . A G 0.0666 Q9 NS=362;DP=2048;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2037;AA=4;SR=1150|887;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
5020 61586 . C A 0.0941 Q9;DP2000 NS=362;DP=1953;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1941;AA=6;SR=1062|879;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
5120 61651 . C A 99.0 PASS NS=369;DP=2217;AC=6;AN=738;AF=0.0081301;RA=2190;AA=22;SR=1230|960;SA=12|10;SB=0.54545;AB=0.41176;ABR=14;ABA=20;RUN=4;SNP;TV
5220 61724 . A C 99.0 PASS NS=369;DP=2442;AC=6;AN=738;AF=0.0081301;RA=2409;AA=29;SR=1205|1204;SA=16|13;SB=0.55172;AB=0.48889;ABR=22;ABA=23;RUN=2;SNP;TV
5320 61795 . G T 99.0 PASS NS=368;DP=2464;AC=324;AN=736;AF=0.44022;RA=1426;AA=1032;SR=740|686;SA=519|513;SB=0.50291;AB=0.49956;ABR=568;ABA=565;RUN=1;SNP;TV
5420 61807 . G T 16.2 PASS NS=369;DP=2523;AC=2;AN=738;AF=0.00271;RA=2506;AA=7;SR=1311|1195;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.625;ABR=5;ABA=3;RUN=1;SNP;TV
5520 61848 . A G 0.0723 Q9 NS=370;DP=2478;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2458;AA=9;SR=1313|1145;SA=2|7;SB=0.22222;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TS;CpG
5620 61909 . C G 0.224 Q9 NS=366;DP=2253;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2240;AA=4;SR=1131|1109;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
5720 61986 . G A 0.054 Q9 NS=364;DP=2106;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2072;AA=26;SR=906|1166;SA=0|26;SB=0;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
5820 62100 . T C 82.3 PASS NS=363;DP=2082;AC=3;AN=726;AF=0.0041322;RA=2069;AA=8;SR=1052|1017;SA=2|6;SB=0.25;AB=0.5;ABR=7;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
5920 62255 . T C 99.0 PASS NS=361;DP=2204;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2195;AA=6;SR=1247|948;SA=6|0;SB=1;AB=0.57143;ABR=8;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
6020 62348 . A G 99.0 DP2000 NS=350;DP=1861;AC=2;AN=700;AF=0.0028571;RA=1845;AA=10;SR=949|896;SA=3|7;SB=0.3;AB=0.23077;ABR=3;ABA=10;RUN=1;SNP;TS
6120 62420 . A G 46.8 DP2000 NS=364;DP=1821;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1812;AA=3;SR=933|879;SA=0|3;SB=0;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
6220 62471 . G A 43.6 DP2000 NS=350;DP=1782;AC=2;AN=700;AF=0.0028571;RA=1772;AA=7;SR=891|881;SA=3|4;SB=0.42857;AB=0.69231;ABR=9;ABA=4;RUN=1;SNP;TS;CpG
6320 62530 . A G 1.17 Q9 NS=364;DP=2137;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2129;AA=4;SR=1034|1095;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
6420 62545 . C G 99.0 PASS NS=348;DP=2043;AC=5;AN=696;AF=0.0071839;RA=2018;AA=17;SR=907|1111;SA=9|8;SB=0.52941;AB=0.44828;ABR=13;ABA=16;RUN=1;SNP;TV
6520 62553 . T C 0.193 Q9 NS=345;DP=2009;AC=2;AN=690;AF=0.0028986;RA=1986;AA=5;SR=869|1117;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=2;SNP;TS
6620 62673 . G T 0.556 Q9 NS=359;DP=2225;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=2218;AA=5;SR=1217|1001;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
6720 62727 . C T 8.51 Q9;DP2000 NS=347;DP=1801;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1794;AA=2;SR=906|888;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
6820 62731 . C A 99.0 DP2000 NS=345;DP=1727;AC=22;AN=690;AF=0.031884;RA=1666;AA=55;SR=840|826;SA=26|29;SB=0.47273;AB=0.53061;ABR=52;ABA=46;RUN=2;SNP;TV
6920 62739 . T C 7.0 Q9;DP2000 NS=342;DP=1646;AC=1;AN=684;AF=0.001462;RA=1623;AA=7;SR=812|811;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
7020 62770 . G C 3.33 Q9;DP2000 NS=324;DP=1429;AC=1;AN=648;AF=0.0015432;RA=1422;AA=3;SR=655|767;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
7120 62783 . A G 17.3 DP2000 NS=328;DP=1471;AC=1;AN=656;AF=0.0015244;RA=1455;AA=8;SR=665|790;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
7220 62881 . G T 0.253 Q9;DP2000 NS=345;DP=1772;AC=1;AN=690;AF=0.0014493;RA=1761;AA=7;SR=910|851;SA=3|4;SB=0.42857;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
7320 62946 . T A 83.9 DP2000 NS=349;DP=1880;AC=1;AN=698;AF=0.0014327;RA=1868;AA=5;SR=787|1081;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.58333;ABR=7;ABA=5;RUN=2;SNP;TV
7420 62997 . A T 5.74 Q9 NS=364;DP=2195;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2190;AA=2;SR=1042|1148;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
7520 63054 . A G 48.5 PASS NS=364;DP=2097;AC=3;AN=728;AF=0.0041209;RA=2082;AA=8;SR=1090|992;SA=5|3;SB=0.625;AB=0.52941;ABR=9;ABA=8;RUN=2;SNP;TS
7620 63055 . A G 0.234 Q9 NS=362;DP=2088;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2078;AA=4;SR=1096|982;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
7720 63063 . T C 0.0841 Q9 NS=363;DP=2065;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2059;AA=2;SR=1083|976;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
7820 63141 . T C 2.61 Q9;DP2000 NS=360;DP=1900;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1891;AA=2;SR=1041|850;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
7920 63197 . T A 0.305 Q9 NS=364;DP=2047;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2037;AA=5;SR=1067|970;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
8020 63231 . T G 99.0 PASS NS=360;DP=2025;AC=76;AN=720;AF=0.10556;RA=1828;AA=186;SR=914|914;SA=102|84;SB=0.54839;AB=0.52581;ABR=163;ABA=145;RUN=1;SNP;TV
8120 63244 . A C 99.0 DP2000 NS=364;DP=1991;AC=84;AN=728;AF=0.11538;RA=1701;AA=284;SR=871|830;SA=132|152;SB=0.46479;AB=0.46951;ABR=154;ABA=174;RUN=2;SNP;TV
8220 63245 . C A 4.67 Q9 NS=364;DP=2000;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1990;AA=6;SR=1010|980;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
8320 63351 . A G 30.7 PASS NS=369;DP=2363;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2354;AA=5;SR=1414|940;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.66667;ABR=6;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
8420 63360 . C T 38.4 PASS NS=367;DP=2348;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2334;AA=4;SR=1363|971;SA=0|4;SB=0;AB=0.63636;ABR=7;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
8520 63426 . G T 99.0 PASS NS=369;DP=2178;AC=5;AN=738;AF=0.0067751;RA=2146;AA=17;SR=1263|883;SA=8|9;SB=0.47059;AB=0.69231;ABR=27;ABA=12;RUN=1;SNP;TV
8620 63452 . C G 99.0 PASS NS=369;DP=2242;AC=22;AN=738;AF=0.02981;RA=2169;AA=68;SR=1220|949;SA=40|28;SB=0.58824;AB=0.47321;ABR=53;ABA=59;RUN=1;SNP;TV
8720 63466 . A G 0.305 Q9 NS=369;DP=2343;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2334;AA=3;SR=1290|1044;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
8820 63521 . G A 33.5 PASS NS=370;DP=2387;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2376;AA=3;SR=1217|1159;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
8920 63680 . A G 0.841 Q9 NS=371;DP=2758;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2741;AA=5;SR=1422|1319;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
9020 63733 . C T 99.0 PASS NS=366;DP=2571;AC=58;AN=732;AF=0.079235;RA=2363;AA=200;SR=1311|1052;SA=101|99;SB=0.505;AB=0.50291;ABR=173;ABA=171;RUN=1;SNP;TS;CpG
9120 63746 . C T 0.0651 Q9 NS=369;DP=2564;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2552;AA=3;SR=1391|1161;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.84615;ABR=11;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
9220 63799 . C T 99.0 PASS NS=367;DP=2322;AC=331;AN=734;AF=0.45095;RA=1274;AA=1026;SR=610|664;SA=489|537;SB=0.47661;AB=0.53157;ABR=564;ABA=494;RUN=3;SNP;TS
9320 63808 . G C 99.0 PASS NS=368;DP=2352;AC=61;AN=736;AF=0.08288;RA=2168;AA=171;SR=1043|1125;SA=80|91;SB=0.46784;AB=0.56869;ABR=178;ABA=134;RUN=1;SNP;TV
9420 63967 . A G 99.0 PASS NS=370;DP=2363;AC=21;AN=740;AF=0.028378;RA=2276;AA=68;SR=911|1365;SA=26|42;SB=0.38235;AB=0.48837;ABR=63;ABA=66;RUN=1;SNP;TS
9520 63983 . C T 0.569 Q9 NS=371;DP=2349;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2334;AA=3;SR=892|1442;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
9620 64016 . G A 32.3 PASS NS=370;DP=2259;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2231;AA=15;SR=854|1377;SA=1|14;SB=0.066667;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=2;SNP;TS
9720 64062 . G A 62.0 PASS NS=370;DP=2274;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2264;AA=6;SR=953|1311;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.14286;ABR=1;ABA=6;RUN=3;SNP;TS
9820 64150 . C A 99.0 PASS NS=368;DP=2268;AC=38;AN=736;AF=0.05163;RA=2160;AA=103;SR=881|1279;SA=41|62;SB=0.39806;AB=0.545;ABR=109;ABA=90;RUN=1;SNP;TV
9920 64175 . A G 97.6 PASS NS=369;DP=2213;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2192;AA=10;SR=838|1354;SA=3|7;SB=0.3;AB=0.22222;ABR=2;ABA=7;RUN=3;SNP;TS
10020 64186 . C G 99.0 PASS NS=369;DP=2166;AC=4;AN=738;AF=0.0054201;RA=2111;AA=20;SR=858|1253;SA=9|11;SB=0.45;AB=0.5;ABR=12;ABA=12;RUN=1;SNP;TV
10120 64539 . A T 0.0711 Q9;DP2000 NS=352;DP=1674;AC=1;AN=704;AF=0.0014205;RA=1667;AA=4;SR=856|811;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=5;SNP;TV
10220 64560 . A G 0.0799 Q9;DP2000 NS=358;DP=1831;AC=1;AN=716;AF=0.0013966;RA=1824;AA=4;SR=1057|767;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
10320 64568 . A C 1.98 Q9;DP2000 NS=355;DP=1856;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1842;AA=7;SR=1124|718;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
10420 64587 . A G 1.36 Q9;DP2000 NS=357;DP=1971;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=1963;AA=3;SR=1234|729;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
10520 64597 . T C 0.152 Q9;DP2000 NS=359;DP=1981;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1974;AA=3;SR=1238|736;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
10620 64618 . G A 0.794 Q9 NS=361;DP=2018;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2011;AA=3;SR=1263|748;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=4;SNP;TS
10720 64624 . T C 5.08 Q9 NS=364;DP=2000;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1994;AA=3;SR=1238|756;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
10820 64625 . A G 99.0 DP2000 NS=363;DP=1995;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1980;AA=7;SR=1229|751;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=5;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
10920 64647 . T C 0.188 Q9;DP2000 NS=362;DP=1911;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1899;AA=5;SR=1157|742;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
11020 64656 . C T 2.15 Q9;DP2000 NS=368;DP=1875;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=1866;AA=3;SR=1113|753;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
11120 64672 . T C 48.3 DP2000 NS=365;DP=1877;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1869;AA=5;SR=1097|772;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.375;ABR=3;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
11220 64771 . A G 0.563 Q9 NS=365;DP=2023;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2017;AA=2;SR=1315|702;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
11320 64898 . G A 49.7 PASS NS=371;DP=2342;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2329;AA=7;SR=1249|1080;SA=3|4;SB=0.42857;AB=0.14286;ABR=1;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
11420 64913 . G T 0.846 Q9 NS=370;DP=2344;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2333;AA=5;SR=1234|1099;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
11520 65122 . T C 1.23 Q9 NS=368;DP=2280;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2265;AA=3;SR=976|1289;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
11620 65173 . C G 12.2 PASS NS=370;DP=2118;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2104;AA=4;SR=947|1157;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
11720 65240 . G A 89.4 PASS NS=364;DP=2106;AC=2;AN=728;AF=0.0027473;RA=2087;AA=8;SR=941|1146;SA=0|8;SB=0;AB=0.25;ABR=2;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
11820 65241 . T C 0.371 Q9 NS=364;DP=2101;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2087;AA=8;SR=934|1153;SA=7|1;SB=0.875;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
11920 65288 . G T 99.0 PASS NS=364;DP=2003;AC=21;AN=728;AF=0.028846;RA=1924;AA=76;SR=915|1009;SA=29|47;SB=0.38158;AB=0.4963;ABR=67;ABA=68;RUN=1;SNP;TV
12020 65317 . A C 0.0806 Q9;DP2000 NS=365;DP=1967;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1957;AA=4;SR=954|1003;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
12120 65335 . T G 99.0 DP2000 NS=363;DP=1773;AC=12;AN=726;AF=0.016529;RA=1744;AA=22;SR=831|913;SA=11|11;SB=0.5;AB=0.46875;ABR=15;ABA=17;RUN=1;SNP;TV
12220 65338 . A T 0.813 Q9;DP2000 NS=362;DP=1726;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1715;AA=3;SR=799|916;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
12320 65562 . A G 6.8 Q9;DP2000 NS=325;DP=1375;AC=2;AN=650;AF=0.0030769;RA=1343;AA=4;SR=759|584;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.7;ABR=7;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
12420 65578 . T C 3.24 Q9;DP2000 NS=327;DP=1379;AC=1;AN=654;AF=0.0015291;RA=1375;AA=3;SR=790|585;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
12520 65632 . C T 40.9 DP2000 NS=366;DP=1714;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=1703;AA=5;SR=918|785;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.2;ABR=1;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
12620 65850 . G A 0.111 Q9;DP2000 NS=307;DP=1146;AC=1;AN=614;AF=0.0016287;RA=1128;AA=3;SR=696|432;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
12720 65900 . G A 99.0 DP2000 NS=325;DP=1412;AC=530;AN=650;AF=0.81538;RA=271;AA=1129;SR=145|126;SA=639|490;SB=0.56599;AB=0.47594;ABR=178;ABA=193;RUN=1;SNP;TS;CpG
12820 65986 . G A 8.36 Q9 NS=370;DP=2269;AC=3;AN=740;AF=0.0040541;RA=2255;AA=6;SR=1197|1058;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
12920 66029 . T C 0.101 Q9;DP2000 NS=339;DP=1544;AC=1;AN=678;AF=0.0014749;RA=1526;AA=7;SR=748|778;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
13020 66060 . C T 6.42 Q9;DP2000 NS=324;DP=1304;AC=1;AN=648;AF=0.0015432;RA=1297;AA=3;SR=613|684;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
13120 66248 . C T 12.0 DP2000 NS=288;DP=1080;AC=1;AN=576;AF=0.0017361;RA=1074;AA=2;SR=440|634;SA=2|0;SB=1;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
13220 66370 . G A 99.0 DP2000 NS=262;DP=824;AC=404;AN=524;AF=0.77099;RA=185;AA=629;SR=79|106;SA=267|362;SB=0.42448;AB=0.55801;ABR=101;ABA=79;RUN=1;SNP;TS
13320 66388 . C T 0.809 Q9;DP2000 NS=269;DP=809;AC=1;AN=538;AF=0.0018587;RA=798;AA=3;SR=351|447;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
13420 66620 . C T 2.19 Q9;DP2000 NS=338;DP=1326;AC=1;AN=676;AF=0.0014793;RA=1319;AA=3;SR=634|685;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=4;SNP;TS
13520 66705 . C T 4.94 Q9;DP2000 NS=292;DP=835;AC=8;AN=584;AF=0.013699;RA=819;AA=10;SR=483|336;SA=3|7;SB=0.3;AB=0.5;ABR=6;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
13620 66890 . G T 6.54 Q9;DP2000 NS=313;DP=1102;AC=1;AN=626;AF=0.0015974;RA=1097;AA=4;SR=670|427;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
13720 67080 . A G 0.371 Q9;DP2000 NS=355;DP=1745;AC=1;AN=710;AF=0.0014085;RA=1732;AA=4;SR=907|825;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
13820 67421 . A C 0.0555 Q9;DP2000 NS=363;DP=1999;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1990;AA=6;SR=945|1045;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
13920 67461 . A G 99.0 DP2000 NS=357;DP=1894;AC=4;AN=714;AF=0.0056022;RA=1872;AA=14;SR=841|1031;SA=8|6;SB=0.57143;AB=0.5;ABR=13;ABA=13;RUN=2;SNP;TS;CpG
14020 67563 . A G 3.64 Q9;DP2000 NS=360;DP=1912;AC=1;AN=720;AF=0.0013889;RA=1904;AA=4;SR=1033|871;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
14120 67572 . A T 0.0602 Q9;DP2000 NS=363;DP=1887;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1871;AA=6;SR=1028|843;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=2;SNP;TV
14220 67573 . C T 4.67 Q9;DP2000 NS=364;DP=1888;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1878;AA=6;SR=1028|850;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
14320 67641 . C T 99.0 DP2000 NS=364;DP=1910;AC=23;AN=728;AF=0.031593;RA=1837;AA=67;SR=897|940;SA=35|32;SB=0.52239;AB=0.52679;ABR=59;ABA=53;RUN=1;SNP;TS
14420 67644 . T C 40.4 DP2000 NS=365;DP=1899;AC=2;AN=730;AF=0.0027397;RA=1887;AA=9;SR=933|954;SA=4|5;SB=0.44444;AB=0.44444;ABR=4;ABA=5;RUN=1;SNP;TS;CpG
14520 67646 . G A 3.98 Q9;DP2000 NS=365;DP=1897;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1877;AA=6;SR=923|954;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
14620 67752 . T A 0.292 Q9 NS=367;DP=2181;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2163;AA=6;SR=1201|962;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.82353;ABR=14;ABA=3;RUN=2;SNP;TV
14720 67760 . C T 67.6 PASS NS=367;DP=2169;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2152;AA=5;SR=1181|971;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=1;SNP;TS;CpG
14820 67765 . C T 99.0 PASS NS=369;DP=2200;AC=3;AN=738;AF=0.004065;RA=2178;AA=11;SR=1201|977;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.42857;ABR=6;ABA=8;RUN=1;SNP;TS;CpG
14920 67831 . C T 0.781 Q9 NS=371;DP=2294;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2281;AA=5;SR=1237|1044;SA=2|3;SB=0.4;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=4;SNP;TS
15020 67949 . G T 10.4 PASS NS=366;DP=2315;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2282;AA=12;SR=1321|961;SA=2|10;SB=0.16667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
15120 67976 . T A 0.679 Q9 NS=369;DP=2408;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2397;AA=6;SR=1299|1098;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
15220 68015 . C T 0.113 Q9 NS=369;DP=2466;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2453;AA=5;SR=1313|1140;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.875;ABR=14;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
15320 68055 . A G 0.102 Q9 NS=370;DP=2540;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2522;AA=5;SR=1296|1226;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.86667;ABR=13;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
15420 68075 . T C 0.0657 Q9 NS=370;DP=2582;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2562;AA=8;SR=1291|1271;SA=5|3;SB=0.625;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
15520 68123 . C A 0.0592 Q9 NS=369;DP=2705;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2685;AA=13;SR=1300|1385;SA=11|2;SB=0.84615;AB=0.8;ABR=4;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
15620 68182 . A T 99.0 PASS NS=368;DP=2675;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2653;AA=10;SR=1458|1195;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.2;ABR=2;ABA=8;RUN=2;SNP;TV
15720 68190 . T C 0.109 Q9 NS=368;DP=2678;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2661;AA=5;SR=1481|1180;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
15820 68205 . A G 31.9 PASS NS=369;DP=2686;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2672;AA=6;SR=1492|1180;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
15920 68264 . T C 99.0 PASS NS=369;DP=2558;AC=98;AN=738;AF=0.13279;RA=2173;AA=376;SR=1055|1118;SA=202|174;SB=0.53723;AB=0.48951;ABR=280;ABA=292;RUN=1;SNP;TS
16020 68474 . A G 31.0 PASS NS=370;DP=2532;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2507;AA=14;SR=1171|1336;SA=2|12;SB=0.14286;AB=0.58333;ABR=7;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
16120 68505 . A G 0.483 Q9 NS=369;DP=2490;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2477;AA=3;SR=1140|1337;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
16220 68535 . G A 99.0 PASS NS=369;DP=2573;AC=12;AN=738;AF=0.01626;RA=2503;AA=58;SR=1186|1317;SA=32|26;SB=0.55172;AB=0.50893;ABR=57;ABA=55;RUN=1;SNP;TS
16320 68618 . G A 99.0 PASS NS=368;DP=2561;AC=21;AN=736;AF=0.028533;RA=2451;AA=93;SR=1224|1227;SA=48|45;SB=0.51613;AB=0.45517;ABR=66;ABA=78;RUN=1;SNP;TS
16420 68657 . C A 3.85 Q9 NS=370;DP=2602;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2585;AA=9;SR=1214|1371;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
16520 68660 . C A 99.0 PASS NS=370;DP=2608;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2591;AA=14;SR=1221|1370;SA=8|6;SB=0.57143;AB=0.44;ABR=11;ABA=14;RUN=2;SNP;TV
16620 68664 . A C 0.0666 Q9 NS=370;DP=2602;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2571;AA=12;SR=1212|1359;SA=6|6;SB=0.5;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
16720 68667 . T G 99.0 PASS NS=370;DP=2607;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2584;AA=15;SR=1201|1383;SA=5|10;SB=0.33333;AB=0.41176;ABR=7;ABA=10;RUN=2;SNP;TV
16820 68749 . T C 99.0 PASS NS=368;DP=2323;AC=426;AN=736;AF=0.5788;RA=983;AA=1334;SR=457|526;SA=640|694;SB=0.47976;AB=0.47215;ABR=568;ABA=632;RUN=1;SNP;TS;CpG
16920 68799 . T C 1.55 Q9 NS=367;DP=2269;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2213;AA=15;SR=1064|1149;SA=14|1;SB=0.93333;AB=0.66667;ABR=8;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
17020 68815 . C T 0.275 Q9 NS=367;DP=2245;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2226;AA=3;SR=1051|1175;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
17120 68826 . A T 2.17 Q9 NS=370;DP=2244;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2223;AA=5;SR=1043|1180;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
17220 68926 . T C 0.43 Q9 NS=369;DP=2139;AC=2;AN=738;AF=0.00271;RA=2120;AA=4;SR=904|1216;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.61538;ABR=8;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
17320 68975 . C G 1.62 Q9 NS=367;DP=2121;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2105;AA=4;SR=767|1338;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
17420 68987 . G T 2.55 Q9 NS=369;DP=2074;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2059;AA=8;SR=732|1327;SA=3|5;SB=0.375;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
17520 69049 . T A 0.201 Q9 NS=361;DP=2045;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2038;AA=5;SR=936|1102;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
17620 69066 . C G 14.2 PASS NS=360;DP=2078;AC=3;AN=720;AF=0.0041667;RA=2069;AA=8;SR=1074|995;SA=1|7;SB=0.125;AB=0.45455;ABR=5;ABA=6;RUN=2;SNP;TV
17720 69094 . G A 99.0 PASS NS=362;DP=2092;AC=318;AN=724;AF=0.43923;RA=1227;AA=857;SR=691|536;SA=451|406;SB=0.52625;AB=0.49681;ABR=389;ABA=392;RUN=1;SNP;TS
17820 69130 . C A 11.5 PASS NS=365;DP=2014;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2007;AA=3;SR=1082|925;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
17920 69145 . A G 0.195 Q9;DP2000 NS=367;DP=1999;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=1991;AA=5;SR=1033|958;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.7;ABR=7;ABA=3;RUN=2;SNP;TS;CpG
18020 69262 . A T 1.7 Q9 NS=365;DP=2053;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2047;AA=3;SR=1145|902;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
18120 69305 . T C 0.123 Q9;DP2000 NS=367;DP=1964;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=1956;AA=3;SR=1101|855;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
18220 69355 . C T 4.52 Q9 NS=367;DP=2009;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2000;AA=3;SR=970|1030;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
18320 69376 . G A 0.665 Q9 NS=367;DP=2085;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2077;AA=3;SR=1003|1074;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
18420 69408 . C T 99.0 PASS NS=366;DP=2154;AC=38;AN=732;AF=0.051913;RA=2013;AA=133;SR=894|1119;SA=60|73;SB=0.45113;AB=0.51685;ABR=138;ABA=128;RUN=1;SNP;TS;CpG
18520 69486 . C G 0.0652 Q9;DP2000 NS=362;DP=1836;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1820;AA=2;SR=1092|728;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
18620 69641 . C A 0.0576 Q9 NS=367;DP=2135;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2121;AA=8;SR=1038|1083;SA=6|2;SB=0.75;AB=0.8125;ABR=13;ABA=3;RUN=3;SNP;TV
18720 69656 . T C 0.253 Q9 NS=366;DP=2096;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2090;AA=2;SR=1030|1060;SA=0|2;SB=0;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
18820 69668 . T C 40.6 PASS NS=365;DP=2114;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2104;AA=6;SR=1026|1078;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
18920 69707 . T A 0.375 Q9 NS=366;DP=2148;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2143;AA=2;SR=1011|1132;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
19020 69723 . T A 0.883 Q9 NS=363;DP=2037;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2026;AA=2;SR=945|1081;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
19120 69752 . A C 1.31 Q9;DP2000 NS=362;DP=1984;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1977;AA=2;SR=932|1045;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
19220 69821 . A T 0.479 Q9;DP2000 NS=364;DP=1967;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=1960;AA=3;SR=958|1002;SA=3|0;SB=1;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
19320 69835 . A G 0.671 Q9;DP2000 NS=363;DP=1953;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1943;AA=5;SR=936|1007;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
19420 69903 . T A 0.0459 Q9;DP2000 NS=362;DP=1913;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1904;AA=5;SR=821|1083;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
19520 69951 . A T 0.159 Q9;DP2000 NS=354;DP=1819;AC=2;AN=708;AF=0.0028249;RA=1810;AA=8;SR=774|1036;SA=6|2;SB=0.75;AB=0.78571;ABR=11;ABA=3;RUN=4;SNP;TV
19620 69966 . T C 0.661 Q9;DP2000 NS=351;DP=1768;AC=2;AN=702;AF=0.002849;RA=1762;AA=4;SR=773|989;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
19720 70470 . A G 4.57 Q9;DP2000 NS=359;DP=1690;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1681;AA=2;SR=1065|616;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
19820 70490 . C T 0.934 Q9;DP2000 NS=358;DP=1682;AC=5;AN=716;AF=0.0069832;RA=1665;AA=12;SR=962|703;SA=11|1;SB=0.91667;AB=0.2;ABR=1;ABA=4;RUN=5;SNP;TS
19920 70604 . A T 0.698 Q9;DP2000 NS=360;DP=1795;AC=2;AN=720;AF=0.0027778;RA=1776;AA=10;SR=1075|701;SA=9|1;SB=0.9;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=4;SNP;TV
20020 70611 . G A 0.143 Q9;DP2000 NS=362;DP=1806;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1788;AA=5;SR=1077|711;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
20120 70696 . T C 1.72 Q9;DP2000 NS=365;DP=1849;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1839;AA=4;SR=983|856;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
20220 70785 . A G 99.0 DP2000 NS=368;DP=1990;AC=14;AN=736;AF=0.019022;RA=1938;AA=40;SR=1005|933;SA=20|20;SB=0.5;AB=0.51852;ABR=42;ABA=38;RUN=1;SNP;TS
20320 70804 . C T 4.03 Q9 NS=369;DP=2057;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2042;AA=5;SR=1069|973;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
20420 70917 . T C 1.54 Q9 NS=369;DP=2193;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2182;AA=2;SR=1110|1072;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
20520 70920 . A G 99.0 PASS NS=368;DP=2172;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2121;AA=45;SR=1084|1037;SA=24|21;SB=0.53333;AB=0.38462;ABR=25;ABA=40;RUN=2;SNP;TS
20620 70980 . G A 99.0 PASS NS=368;DP=2339;AC=39;AN=736;AF=0.052989;RA=2221;AA=106;SR=1223|998;SA=71|35;SB=0.66981;AB=0.57416;ABR=120;ABA=89;RUN=1;SNP;TS
20720 71013 . A C 0.0504 Q9 NS=371;DP=2390;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2371;AA=12;SR=1359|1012;SA=2|10;SB=0.16667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
20820 71015 . T C 0.569 Q9 NS=371;DP=2398;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2390;AA=5;SR=1364|1026;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
20920 71037 . T C 0.223 Q9 NS=369;DP=2289;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2279;AA=4;SR=1353|926;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
21020 71079 . C T 99.0 PASS NS=370;DP=2338;AC=60;AN=740;AF=0.081081;RA=2168;AA=166;SR=1421|747;SA=102|64;SB=0.61446;AB=0.53086;ABR=129;ABA=113;RUN=1;SNP;TS
21120 71093 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2393;AC=93;AN=730;AF=0.1274;RA=2085;AA=299;SR=1382|703;SA=194|105;SB=0.64883;AB=0.5317;ABR=260;ABA=225;RUN=1;SNP;TS
21220 71281 . G A 66.6 PASS NS=369;DP=2496;AC=2;AN=738;AF=0.00271;RA=2481;AA=11;SR=1273|1208;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.66667;ABR=12;ABA=6;RUN=1;SNP;TS;CpG
21320 71290 . A G 0.526 Q9 NS=368;DP=2466;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2448;AA=4;SR=1262|1186;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
21420 71454 . T C 0.691 Q9 NS=370;DP=2518;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2498;AA=5;SR=1203|1295;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
21520 71543 . A G 1.37 Q9 NS=369;DP=2378;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2369;AA=6;SR=1023|1346;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=3;SNP;TS;CpG
21620 71549 . G T 99.0 PASS NS=370;DP=2354;AC=49;AN=740;AF=0.066216;RA=2139;AA=210;SR=769|1370;SA=208|2;SB=0.99048;AB=0.68065;ABR=211;ABA=99;RUN=4;SNP;TV
21720 71726 . C A 5.19 Q9 NS=363;DP=2309;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2301;AA=3;SR=1162|1139;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
21820 71809 . G A 27.3 DP2000 NS=354;DP=1947;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1937;AA=3;SR=923|1014;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.4;ABR=2;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
21920 71850 . T C 0.131 Q9 NS=358;DP=2062;AC=1;AN=716;AF=0.0013966;RA=2055;AA=2;SR=1053|1002;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
22020 71859 . G A 14.4 PASS NS=355;DP=2030;AC=3;AN=710;AF=0.0042254;RA=2010;AA=7;SR=1055|955;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=1;SNP;TS;CpG
22120 71926 . T A 4.2 Q9;DP2000 NS=336;DP=1791;AC=1;AN=672;AF=0.0014881;RA=1787;AA=2;SR=879|908;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
22220 71929 . T A 0.237 Q9;DP2000 NS=336;DP=1782;AC=1;AN=672;AF=0.0014881;RA=1773;AA=3;SR=875|898;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
22320 72002 . A C 0.101 Q9;DP2000 NS=340;DP=1976;AC=1;AN=680;AF=0.0014706;RA=1960;AA=10;SR=1100|860;SA=9|1;SB=0.9;AB=0.75;ABR=3;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
22420 72036 . G A 99.0 PASS NS=349;DP=2037;AC=6;AN=698;AF=0.008596;RA=2022;AA=11;SR=1106|916;SA=5|6;SB=0.45455;AB=0.60714;ABR=17;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
22520 72206 . T G 1.43 Q9 NS=370;DP=2151;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2144;AA=4;SR=1129|1015;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
22620 72287 . A G 0.0526 Q9 NS=369;DP=2216;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2210;AA=2;SR=1016|1194;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
22720 72331 . T A 0.125 Q9 NS=367;DP=2265;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2246;AA=7;SR=1089|1157;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
22820 72406 . C T 0.0949 Q9 NS=366;DP=2205;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2191;AA=2;SR=1075|1116;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
22920 72570 . C A 2.37 Q9;DP2000 NS=365;DP=1829;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1810;AA=13;SR=969|841;SA=6|7;SB=0.46154;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
23020 72604 . A G 2.22 Q9 NS=363;DP=2084;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2079;AA=3;SR=1043|1036;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
23120 72632 . G T 99.0 PASS NS=367;DP=2170;AC=21;AN=734;AF=0.02861;RA=2099;AA=67;SR=1017|1082;SA=36|31;SB=0.53731;AB=0.54167;ABR=65;ABA=55;RUN=2;SNP;TV
23220 72665 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2216;AC=3;AN=730;AF=0.0041096;RA=2198;AA=11;SR=1006|1192;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.5;ABR=10;ABA=10;RUN=2;SNP;TS
23320 72719 . C T 99.0 PASS NS=360;DP=2045;AC=12;AN=720;AF=0.016667;RA=2005;AA=33;SR=968|1037;SA=19|14;SB=0.57576;AB=0.52174;ABR=36;ABA=32;RUN=3;SNP;TS
23420 72747 . T A 0.163 Q9 NS=368;DP=2073;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2062;AA=4;SR=1092|970;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
23520 72771 . A T 1.48 Q9 NS=371;DP=2071;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2062;AA=3;SR=1149|913;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
23620 72772 . A G 0.311 Q9 NS=371;DP=2065;AC=2;AN=742;AF=0.0026954;RA=2051;AA=5;SR=1145|906;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
23720 72815 . T C 25.8 PASS NS=367;DP=2079;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2062;AA=8;SR=1133|929;SA=4|4;SB=0.5;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
23820 72820 . C A 3.07 Q9 NS=366;DP=2061;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2048;AA=5;SR=1097|951;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
23920 72882 . T C 4.28 Q9 NS=369;DP=2031;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2013;AA=5;SR=914|1099;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
24020 72887 . A G 2.42 Q9 NS=367;DP=2020;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2004;AA=6;SR=906|1098;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
24120 72890 . A G 1.25 Q9 NS=366;DP=2018;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2006;AA=3;SR=910|1096;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
24220 72892 . G A 99.0 PASS NS=365;DP=2011;AC=36;AN=730;AF=0.049315;RA=1913;AA=88;SR=863|1050;SA=43|45;SB=0.48864;AB=0.56647;ABR=98;ABA=73;RUN=5;SNP;TS
24320 72894 . T C 77.5 PASS NS=365;DP=2035;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2010;AA=11;SR=921|1089;SA=4|7;SB=0.36364;AB=0.14286;ABR=1;ABA=6;RUN=1;SNP;TS;CpG
24420 73014 . C G 12.4 PASS NS=368;DP=2017;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=1989;AA=3;SR=858|1131;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
24520 73136 . T A 5.76 Q9;DP2000 NS=282;DP=784;AC=3;AN=564;AF=0.0053191;RA=758;AA=7;SR=402|356;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
24620 73268 . G T 0.0695 Q9;DP2000 NS=346;DP=1716;AC=1;AN=692;AF=0.0014451;RA=1710;AA=4;SR=1061|649;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
24720 73369 . C T 5.68 Q9;DP2000 NS=365;DP=1955;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=1943;AA=6;SR=800|1143;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.7;ABR=7;ABA=3;RUN=4;SNP;TS
24820 73416 . C T 0.0527 Q9;DP2000 NS=362;DP=1908;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=1894;AA=3;SR=937|957;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
24920 73431 . C G 1.76 Q9;DP2000 NS=363;DP=1863;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=1856;AA=3;SR=950|906;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.33333;ABR=1;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
25020 73719 . C A 99.0 DP2000 NS=277;DP=997;AC=18;AN=554;AF=0.032491;RA=964;AA=30;SR=443|521;SA=18|12;SB=0.6;AB=0.40909;ABR=9;ABA=13;RUN=1;SNP;TV
25120 73767 . A G 3.17 Q9;DP2000 NS=284;DP=893;AC=1;AN=568;AF=0.0017606;RA=883;AA=3;SR=402|481;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
25220 73852 . T G 99.0 DP2000 NS=335;DP=1416;AC=7;AN=670;AF=0.010448;RA=1377;AA=28;SR=855|522;SA=8|20;SB=0.28571;AB=0.375;ABR=9;ABA=15;RUN=2;SNP;TV
25320 73858 . C T 96.7 DP2000 NS=341;DP=1497;AC=9;AN=682;AF=0.013196;RA=1483;AA=13;SR=916|567;SA=8|5;SB=0.61538;AB=0.64516;ABR=20;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
25420 73888 . G A 0.0568 Q9;DP2000 NS=351;DP=1692;AC=1;AN=702;AF=0.0014245;RA=1679;AA=4;SR=945|734;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
25520 73957 . G A 13.1 PASS NS=368;DP=2167;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2158;AA=3;SR=1176|982;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
25620 74009 . C T 3.44 Q9 NS=369;DP=2230;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2224;AA=2;SR=1283|941;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
25720 74053 . A T 6.52 Q9 NS=366;DP=2231;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2219;AA=4;SR=1326|893;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
25820 74073 . T A 0.0672 Q9 NS=365;DP=2246;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2237;AA=2;SR=1302|935;SA=2|0;SB=1;AB=0.4;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
25920 74142 . A G 0.849 Q9 NS=370;DP=2293;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2273;AA=7;SR=1239|1034;SA=2|5;SB=0.28571;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
26020 74232 . T C 0.106 Q9 NS=366;DP=2368;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2348;AA=6;SR=1206|1142;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
26120 74247 . T C 99.0 PASS NS=365;DP=2372;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2353;AA=9;SR=1194|1159;SA=2|7;SB=0.22222;AB=0.3;ABR=3;ABA=7;RUN=1;SNP;TS;CpG
26220 74281 . C T 3.59 Q9 NS=366;DP=2430;AC=2;AN=732;AF=0.0027322;RA=2418;AA=5;SR=1176|1242;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.33333;ABR=2;ABA=4;RUN=2;SNP;TS
26320 74297 . A T 0.214 Q9 NS=367;DP=2402;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2379;AA=5;SR=1148|1231;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
26420 74347 . G A 99.0 PASS NS=371;DP=2504;AC=76;AN=742;AF=0.10243;RA=2237;AA=253;SR=1152|1085;SA=127|126;SB=0.50198;AB=0.52459;ABR=224;ABA=203;RUN=1;SNP;TS
26520 74355 . G T 0.613 Q9 NS=368;DP=2548;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2530;AA=9;SR=1322|1208;SA=5|4;SB=0.55556;AB=0.8125;ABR=13;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
26620 74545 . T A 1.96 Q9 NS=361;DP=2030;AC=3;AN=722;AF=0.0041551;RA=2012;AA=12;SR=933|1079;SA=4|8;SB=0.33333;AB=0.55;ABR=11;ABA=9;RUN=1;SNP;TV
26720 74595 . G C 0.696 Q9 NS=364;DP=2054;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2046;AA=4;SR=1037|1009;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
26820 74617 . A G 4.15 Q9 NS=365;DP=2159;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2139;AA=6;SR=1030|1109;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
26920 74651 . T G 55.6 PASS NS=367;DP=2262;AC=3;AN=734;AF=0.0040872;RA=2241;AA=12;SR=985|1256;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.46154;ABR=6;ABA=7;RUN=1;SNP;TV
27020 74747 . C T 0.125 Q9 NS=355;DP=2085;AC=2;AN=710;AF=0.0028169;RA=2069;AA=10;SR=1059|1010;SA=9|1;SB=0.9;AB=0.57143;ABR=4;ABA=3;RUN=2;SNP;TS
27120 74776 . T C 0.0648 Q9 NS=357;DP=2083;AC=1;AN=714;AF=0.0014006;RA=2066;AA=5;SR=1096|970;SA=2|3;SB=0.4;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
27220 74801 . T C 0.234 Q9;DP2000 NS=361;DP=1925;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=1921;AA=2;SR=960|961;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
27320 74873 . T A 0.0536 Q9;DP2000 NS=337;DP=1479;AC=2;AN=674;AF=0.0029674;RA=1470;AA=4;SR=610|860;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.7;ABR=7;ABA=3;RUN=2;SNP;TV
27420 74885 . C A 0.412 Q9;DP2000 NS=342;DP=1549;AC=1;AN=684;AF=0.001462;RA=1540;AA=4;SR=692|848;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=5;SNP;TV
27520 74995 . T A 0.177 Q9 NS=365;DP=2238;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2203;AA=16;SR=1233|970;SA=14|2;SB=0.875;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
27620 75003 . T A 0.703 Q9 NS=365;DP=2252;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2235;AA=3;SR=1241|994;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
27720 75026 . G A 6.27 Q9 NS=361;DP=2078;AC=3;AN=722;AF=0.0041551;RA=2063;AA=9;SR=1109|954;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=6;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
27820 75040 . T C 2.13 Q9 NS=367;DP=2087;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2076;AA=3;SR=1074|1002;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
27920 75245 . T A 3.0 Q9 NS=363;DP=2162;AC=1;AN=726;AF=0.0013774;RA=2150;AA=3;SR=1018|1132;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
28020 75254 . C A 99.0 PASS NS=362;DP=2018;AC=255;AN=724;AF=0.35221;RA=1339;AA=657;SR=615|724;SA=345|312;SB=0.52511;AB=0.52083;ABR=450;ABA=401;RUN=2;SNP;TV
28120 75280 . A G 0.0778 Q9;DP2000 NS=350;DP=1862;AC=1;AN=700;AF=0.0014286;RA=1823;AA=17;SR=786|1037;SA=0|17;SB=0;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
28220 75389 . C T 2.19 Q9 NS=361;DP=2144;AC=1;AN=722;AF=0.001385;RA=2136;AA=4;SR=1054|1082;SA=3|1;SB=0.75;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
28320 75514 . C T 0.116 Q9 NS=369;DP=2263;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2248;AA=7;SR=1190|1058;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=3;SNP;TS
28420 75516 . A G 99.0 PASS NS=369;DP=2296;AC=5;AN=738;AF=0.0067751;RA=2273;AA=14;SR=1217|1056;SA=3|11;SB=0.21429;AB=0.42105;ABR=8;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
28520 75691 . C G 1.39 Q9 NS=370;DP=2164;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2149;AA=6;SR=933|1216;SA=3|3;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
28620 75729 . C G 99.0 PASS NS=368;DP=2200;AC=13;AN=736;AF=0.017663;RA=2156;AA=37;SR=1063|1093;SA=19|18;SB=0.51351;AB=0.50667;ABR=38;ABA=36;RUN=1;SNP;TV
28720 75790 . G T 0.37 Q9 NS=366;DP=2147;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2139;AA=5;SR=1124|1015;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=4;SNP;TV
28820 75813 . G T 45.2 PASS NS=367;DP=2170;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2155;AA=11;SR=1100|1055;SA=3|8;SB=0.27273;AB=0.22222;ABR=2;ABA=7;RUN=2;SNP;TV
28920 75880 . G A 4.19 Q9 NS=369;DP=2153;AC=3;AN=738;AF=0.004065;RA=2139;AA=7;SR=1037|1102;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.5;ABR=5;ABA=5;RUN=3;SNP;TS
29020 75999 . T C 99.0 PASS NS=371;DP=2394;AC=21;AN=742;AF=0.028302;RA=2315;AA=63;SR=1290|1025;SA=41|22;SB=0.65079;AB=0.50794;ABR=64;ABA=61;RUN=1;SNP;TS
29120 76282 . G A 2.2 Q9 NS=370;DP=2122;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2113;AA=2;SR=1137|976;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
29220 76316 . T G 0.0522 Q9 NS=353;DP=2029;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2019;AA=6;SR=1099|920;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=2;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
29320 76317 . A T 0.0577 Q9 NS=353;DP=2039;AC=1;AN=706;AF=0.0014164;RA=2028;AA=4;SR=1106|922;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=3;SNP;TV
29420 76388 . G A 99.0 PASS NS=371;DP=2615;AC=3;AN=742;AF=0.0040431;RA=2588;AA=14;SR=1183|1405;SA=7|7;SB=0.5;AB=0.54167;ABR=13;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
29520 76407 . C T 0.047 Q9 NS=369;DP=2638;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2620;AA=7;SR=1141|1479;SA=6|1;SB=0.85714;AB=0.5;ABR=1;ABA=1;RUN=3;SNP;TS
29620 76477 . G T 0.0468 Q9 NS=369;DP=2510;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2495;AA=8;SR=1108|1387;SA=7|1;SB=0.875;AB=0.83333;ABR=5;ABA=1;RUN=1;SNP;TV
29720 76519 . T C 55.2 PASS NS=367;DP=2405;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2395;AA=6;SR=1135|1260;SA=4|2;SB=0.66667;AB=0.44444;ABR=4;ABA=5;RUN=1;SNP;TS
29820 76526 . G A 97.7 PASS NS=365;DP=2372;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2355;AA=6;SR=1100|1255;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.625;ABR=10;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
29920 76559 . G A 0.0519 Q9 NS=366;DP=2361;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2351;AA=3;SR=1069|1282;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
30020 76614 . T C 0.355 Q9 NS=364;DP=2186;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2180;AA=2;SR=1061|1119;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
30120 76631 . T A 0.135 Q9 NS=362;DP=2146;AC=1;AN=724;AF=0.0013812;RA=2138;AA=4;SR=1088|1050;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.77778;ABR=7;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
30220 76668 . T C 0.299 Q9 NS=370;DP=2308;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2288;AA=7;SR=1196|1092;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
30320 76669 . T A 3.27 Q9 NS=370;DP=2325;AC=1;AN=740;AF=0.0013514;RA=2319;AA=3;SR=1215|1104;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
30420 76689 . T C 14.1 PASS NS=369;DP=2386;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2371;AA=7;SR=1247|1124;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.25;ABR=1;ABA=3;RUN=1;SNP;TS
30520 76796 . T C 18.7 PASS NS=368;DP=2408;AC=3;AN=736;AF=0.0040761;RA=2393;AA=9;SR=1269|1124;SA=6|3;SB=0.66667;AB=0.76667;ABR=23;ABA=7;RUN=1;SNP;TS
30620 76801 . G A 1.02 Q9 NS=364;DP=2385;AC=1;AN=728;AF=0.0013736;RA=2372;AA=4;SR=1252|1120;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
30720 76915 . A G 99.0 PASS NS=366;DP=2285;AC=3;AN=732;AF=0.0040984;RA=2256;AA=11;SR=1262|994;SA=8|3;SB=0.72727;AB=0.5;ABR=10;ABA=9;RUN=1;SNP;TS
30820 76920 . G A 65.7 PASS NS=367;DP=2288;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2276;AA=7;SR=1297|979;SA=5|2;SB=0.71429;AB=0.58824;ABR=10;ABA=7;RUN=2;SNP;TS
30920 76934 . A G 40.7 PASS NS=368;DP=2253;AC=2;AN=736;AF=0.0027174;RA=2238;AA=6;SR=1276|962;SA=2|4;SB=0.33333;AB=0.42857;ABR=3;ABA=4;RUN=1;SNP;TS
31020 76962 . T C 99.0 PASS NS=369;DP=2127;AC=599;AN=738;AF=0.81165;RA=436;AA=1670;SR=226|210;SA=898|772;SB=0.53772;AB=0.51024;ABR=299;ABA=281;RUN=2;SNP;TS;CpG
31120 77013 . C T 47.1 PASS NS=370;DP=2371;AC=2;AN=740;AF=0.0027027;RA=2361;AA=5;SR=1049|1312;SA=1|4;SB=0.2;AB=0.57143;ABR=8;ABA=5;RUN=1;SNP;TS;CpG
31220 77025 . A G 99.0 PASS NS=370;DP=2398;AC=4;AN=740;AF=0.0054054;RA=2351;AA=24;SR=1035|1316;SA=5|19;SB=0.20833;AB=0.57143;ABR=24;ABA=18;RUN=1;SNP;TS;CpG
31320 77115 . A G 0.997 Q9 NS=371;DP=2355;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2344;AA=4;SR=1291|1053;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
31420 77225 . T C 0.928 Q9 NS=366;DP=2199;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2192;AA=3;SR=986|1206;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.81818;ABR=9;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
31520 77264 . C T 0.0587 Q9 NS=369;DP=2275;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2261;AA=5;SR=1054|1207;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.8;ABR=4;ABA=1;RUN=1;SNP;TS
31620 77327 . G T 24.8 PASS NS=367;DP=2294;AC=2;AN=734;AF=0.0027248;RA=2282;AA=10;SR=1172|1110;SA=6|4;SB=0.6;AB=0.6875;ABR=11;ABA=5;RUN=2;SNP;TV
31720 77393 . G A 32.7 PASS NS=367;DP=2297;AC=1;AN=734;AF=0.0013624;RA=2277;AA=11;SR=1261|1016;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.5;ABR=4;ABA=4;RUN=3;SNP;TS;CpG
31820 77484 . A T 0.241 Q9 NS=369;DP=2290;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2283;AA=5;SR=1203|1080;SA=4|1;SB=0.8;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
31920 77499 . G T 0.058 Q9 NS=369;DP=2269;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2260;AA=4;SR=1216|1044;SA=1|3;SB=0.25;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
32020 77655 . T C 0.0462 Q9 NS=371;DP=2542;AC=1;AN=742;AF=0.0013477;RA=2533;AA=3;SR=1188|1345;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
32120 77816 . G A 99.0 PASS NS=369;DP=2224;AC=16;AN=738;AF=0.02168;RA=2161;AA=45;SR=1004|1157;SA=21|24;SB=0.46667;AB=0.53571;ABR=45;ABA=37;RUN=1;SNP;TS
32220 77870 . A G 0.0585 Q9 NS=368;DP=2214;AC=1;AN=736;AF=0.0013587;RA=2176;AA=15;SR=836|1340;SA=3|12;SB=0.2;AB=0.83333;ABR=10;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
32320 77871 . C T 28.8 PASS NS=368;DP=2215;AC=4;AN=736;AF=0.0054348;RA=2200;AA=11;SR=831|1369;SA=6|5;SB=0.54545;AB=0.75;ABR=9;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
32420 77884 . T C 2.39 Q9 NS=369;DP=2325;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2308;AA=4;SR=832|1476;SA=3|1;SB=0.75;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=2;SNP;TS;CpG
32520 77890 . T C 13.2 PASS NS=369;DP=2347;AC=1;AN=738;AF=0.001355;RA=2324;AA=5;SR=842|1482;SA=3|2;SB=0.6;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
32620 78254 . C T 99.0 DP2000 NS=345;DP=1534;AC=11;AN=690;AF=0.015942;RA=1494;AA=34;SR=751|743;SA=18|16;SB=0.52941;AB=0.58824;ABR=50;ABA=34;RUN=1;SNP;TS
32720 78255 . C A 0.0735 Q9;DP2000 NS=347;DP=1551;AC=1;AN=694;AF=0.0014409;RA=1538;AA=6;SR=774|764;SA=1|5;SB=0.16667;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
32820 78266 . T A 0.136 Q9;DP2000 NS=354;DP=1640;AC=1;AN=708;AF=0.0014124;RA=1632;AA=4;SR=840|792;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.8;ABR=8;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
32920 78455 . G A 99.0 DP2000 NS=342;DP=1209;AC=3;AN=684;AF=0.004386;RA=1190;AA=12;SR=657|533;SA=5|7;SB=0.41667;AB=0.45;ABR=9;ABA=11;RUN=1;SNP;TS;CpG
33020 78515 . G A 15.5 DP2000 NS=201;DP=435;AC=1;AN=402;AF=0.0024876;RA=429;AA=2;SR=37|392;SA=0|2;SB=0;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS;CpG
33120 78691 . T G 0.408 Q9;DP2000 NS=164;DP=352;AC=1;AN=328;AF=0.0030488;RA=346;AA=3;SR=10|336;SA=0|3;SB=0;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
33220 79234 . T C 99.0 DP2000 NS=185;DP=299;AC=221;AN=370;AF=0.5973;RA=126;AA=171;SR=83|43;SA=113|58;SB=0.66082;AB=0.57447;ABR=27;ABA=20;RUN=1;SNP;TS
33320 79509 . A G 6.23 Q9;DP2000 NS=341;DP=1250;AC=1;AN=682;AF=0.0014663;RA=1242;AA=3;SR=618|624;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
33420 79697 . A G 6.18 Q9;DP2000 NS=129;DP=195;AC=1;AN=258;AF=0.003876;RA=191;AA=2;SR=53|138;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
33520 79749 . A T 0.0964 Q9;DP2000 NS=158;DP=301;AC=2;AN=316;AF=0.0063291;RA=290;AA=3;SR=117|173;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.5;ABR=3;ABA=3;RUN=1;SNP;TV
33620 79969 . T G 6.07 Q9;DP2000 NS=214;DP=647;AC=1;AN=428;AF=0.0023364;RA=643;AA=2;SR=615|28;SA=2|0;SB=1;AB=0;ABR=0;ABA=2;RUN=2;SNP;TV
33720 80071 . G A 99.0 DP2000 NS=299;DP=809;AC=271;AN=598;AF=0.45318;RA=473;AA=335;SR=453|20;SA=325|10;SB=0.97015;AB=0.53559;ABR=158;ABA=137;RUN=1;SNP;TS
33820 80079 . G A 27.1 DP2000 NS=316;DP=898;AC=7;AN=632;AF=0.011076;RA=888;AA=8;SR=851|37;SA=6|2;SB=0.75;AB=0.73333;ABR=22;ABA=8;RUN=1;SNP;TS;CpG
33920 80095 . A G 0.0807 Q9;DP2000 NS=324;DP=1080;AC=3;AN=648;AF=0.0046296;RA=1063;AA=7;SR=935|128;SA=4|3;SB=0.57143;AB=0.61538;ABR=8;ABA=5;RUN=2;SNP;TS
34020 80165 . G T 0.0494 Q9 NS=365;DP=2212;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2191;AA=14;SR=1178|1013;SA=1|13;SB=0.071429;AB=…Large files files are truncated, but you can click here to view the full file