/test-data/1.lav

https://bitbucket.org/cistrome/cistrome-harvard/ · Unknown · 178 lines · 178 code · 0 blank · 0 comment · 0 complexity · ea07d954617a7a0dd5c545733ccb67c9 MD5 · raw file

  1. #:lav
  2. d {
  3. "blastz out.seq1m seq2data Y=3400 H=0 W=8 B=2 K=3000 C=0 m=83886080 P=0
  4. A C G T
  5. 91 -114 -31 -123
  6. -114 100 -125 -31
  7. -31 -125 100 -114
  8. -123 -31 -114 91
  9. O = 400, E = 30, K = 3000, L = 3000, M = 50"
  10. }
  11. #:lav
  12. s {
  13. "out.seq1m" 1 1680 0 1
  14. "seq2data" 1 1680 0 1
  15. }
  16. h {
  17. ">seqmask seq1data out.repeats"
  18. ">seq2"
  19. }
  20. a {
  21. s 161304
  22. b 1 1
  23. e 1680 1680
  24. l 1 1 1680 1680 100
  25. }
  26. a {
  27. s 15173
  28. b 186 251
  29. e 450 505
  30. l 186 251 244 309 92
  31. l 256 310 280 334 84
  32. l 281 336 307 362 78
  33. l 308 374 329 395 91
  34. l 341 396 367 422 81
  35. l 369 423 419 473 94
  36. l 422 474 425 477 75
  37. l 426 481 450 505 96
  38. }
  39. a {
  40. s 12134
  41. b 191 343
  42. e 361 503
  43. l 191 343 215 367 80
  44. l 216 369 244 397 86
  45. l 256 398 361 503 95
  46. }
  47. a {
  48. s 4422
  49. b 192 431
  50. e 276 505
  51. l 192 431 212 451 100
  52. l 223 452 244 473 95
  53. l 247 474 254 481 63
  54. l 255 484 276 505 91
  55. }
  56. a {
  57. s 6872
  58. b 192 311
  59. e 330 450
  60. l 192 311 215 334 83
  61. l 216 336 275 395 73
  62. l 286 396 307 417 91
  63. l 308 428 330 450 96
  64. }
  65. a {
  66. s 14437
  67. b 192 224
  68. e 472 505
  69. l 192 224 223 255 84
  70. l 224 257 255 288 84
  71. l 257 289 277 309 90
  72. l 288 310 308 330 90
  73. l 309 342 362 395 85
  74. l 374 396 395 417 91
  75. l 396 428 417 449 95
  76. l 428 450 449 471 95
  77. l 450 483 472 505 91
  78. }
  79. a {
  80. s 7306
  81. b 192 399
  82. e 308 505
  83. l 192 399 244 451 94
  84. l 256 452 277 473 91
  85. l 280 474 283 477 100
  86. l 284 481 308 505 92
  87. }
  88. a {
  89. s 11180
  90. b 193 290
  91. e 396 505
  92. l 193 290 212 309 100
  93. l 223 310 280 367 76
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  96. l 336 429 341 434 83
  97. l 342 451 396 505 87
  98. }
  99. a {
  100. s 14437
  101. b 224 192
  102. e 505 472
  103. l 224 192 255 223 84
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  110. l 450 428 471 449 95
  111. l 483 450 505 472 91
  112. }
  113. a {
  114. s 15173
  115. b 251 186
  116. e 505 450
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  124. l 481 426 505 450 96
  125. }
  126. a {
  127. s 11180
  128. b 290 193
  129. e 505 396
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  136. }
  137. a {
  138. s 6872
  139. b 311 192
  140. e 450 330
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  145. }
  146. a {
  147. s 12134
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  153. }
  154. a {
  155. s 7306
  156. b 399 192
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  158. l 399 192 451 244 94
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  162. }
  163. a {
  164. s 4422
  165. b 431 192
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  167. l 431 192 451 212 100
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  169. l 474 247 481 254 63
  170. l 484 255 505 276 91
  171. }
  172. x {
  173. n 0
  174. }
  175. m {
  176. n 0
  177. }
  178. #:eof