/test-data/1.lav

  1#:lav
  2d {
  3  "blastz out.seq1m seq2data Y=3400 H=0 W=8 B=2 K=3000 C=0 m=83886080 P=0
  4     A    C    G    T
  5    91 -114  -31 -123
  6  -114  100 -125  -31
  7   -31 -125  100 -114
  8  -123  -31 -114   91
  9  O = 400, E = 30, K = 3000, L = 3000, M = 50"
 10}
 11#:lav
 12s {
 13  "out.seq1m" 1 1680 0 1
 14  "seq2data" 1 1680 0 1
 15}
 16h {
 17   ">seqmask seq1data out.repeats"
 18   ">seq2"
 19}
 20a {
 21  s 161304
 22  b 1 1
 23  e 1680 1680
 24  l 1 1 1680 1680 100
 25}
 26a {
 27  s 15173
 28  b 186 251
 29  e 450 505
 30  l 186 251 244 309 92
 31  l 256 310 280 334 84
 32  l 281 336 307 362 78
 33  l 308 374 329 395 91
 34  l 341 396 367 422 81
 35  l 369 423 419 473 94
 36  l 422 474 425 477 75
 37  l 426 481 450 505 96
 38}
 39a {
 40  s 12134
 41  b 191 343
 42  e 361 503
 43  l 191 343 215 367 80
 44  l 216 369 244 397 86
 45  l 256 398 361 503 95
 46}
 47a {
 48  s 4422
 49  b 192 431
 50  e 276 505
 51  l 192 431 212 451 100
 52  l 223 452 244 473 95
 53  l 247 474 254 481 63
 54  l 255 484 276 505 91
 55}
 56a {
 57  s 6872
 58  b 192 311
 59  e 330 450
 60  l 192 311 215 334 83
 61  l 216 336 275 395 73
 62  l 286 396 307 417 91
 63  l 308 428 330 450 96
 64}
 65a {
 66  s 14437
 67  b 192 224
 68  e 472 505
 69  l 192 224 223 255 84
 70  l 224 257 255 288 84
 71  l 257 289 277 309 90
 72  l 288 310 308 330 90
 73  l 309 342 362 395 85
 74  l 374 396 395 417 91
 75  l 396 428 417 449 95
 76  l 428 450 449 471 95
 77  l 450 483 472 505 91
 78}
 79a {
 80  s 7306
 81  b 192 399
 82  e 308 505
 83  l 192 399 244 451 94
 84  l 256 452 277 473 91
 85  l 280 474 283 477 100
 86  l 284 481 308 505 92
 87}
 88a {
 89  s 11180
 90  b 193 290
 91  e 396 505
 92  l 193 290 212 309 100
 93  l 223 310 280 367 76
 94  l 281 369 332 420 88
 95  l 333 422 335 424 100
 96  l 336 429 341 434 83
 97  l 342 451 396 505 87
 98}
 99a {
100  s 14437
101  b 224 192
102  e 505 472
103  l 224 192 255 223 84
104  l 257 224 288 255 84
105  l 289 257 309 277 90
106  l 310 288 330 308 90
107  l 342 309 395 362 85
108  l 396 374 417 395 91
109  l 428 396 449 417 95
110  l 450 428 471 449 95
111  l 483 450 505 472 91
112}
113a {
114  s 15173
115  b 251 186
116  e 505 450
117  l 251 186 309 244 92
118  l 310 256 334 280 84
119  l 336 281 362 307 78
120  l 374 308 395 329 91
121  l 396 341 422 367 81
122  l 423 369 473 419 94
123  l 474 422 477 425 75
124  l 481 426 505 450 96
125}
126a {
127  s 11180
128  b 290 193
129  e 505 396
130  l 290 193 309 212 100
131  l 310 223 367 280 76
132  l 369 281 420 332 88
133  l 422 333 424 335 100
134  l 429 336 434 341 83
135  l 451 342 505 396 87
136}
137a {
138  s 6872
139  b 311 192
140  e 450 330
141  l 311 192 334 215 83
142  l 336 216 395 275 73
143  l 396 286 417 307 91
144  l 428 308 450 330 96
145}
146a {
147  s 12134
148  b 343 191
149  e 503 361
150  l 343 191 367 215 80
151  l 369 216 397 244 86
152  l 398 256 503 361 95
153}
154a {
155  s 7306
156  b 399 192
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158  l 399 192 451 244 94
159  l 452 256 473 277 91
160  l 474 280 477 283 100
161  l 481 284 505 308 92
162}
163a {
164  s 4422
165  b 431 192
166  e 505 276
167  l 431 192 451 212 100
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170  l 484 255 505 276 91
171}
172x {
173  n 0
174}
175m {
176  n 0
177}
178#:eof