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/test-data/test_annotated_dbsnp.vcf

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 10##INFO=<ID=REPEAT,Number=1,Type=String,Description="Description of the local repeat structures flanking the current position">
 11##INFO=<ID=DEL,Number=1,Type=Integer,Description="Length of deletion allele, if present">
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 13##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth at the locus">
 14##INFO=<ID=TV,Number=0,Type=Flag,Description="transversion SNP">
 15##INFO=<ID=TS,Number=0,Type=Flag,Description="transition SNP">
 16##INFO=<ID=RA,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele observations">
 17##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
 18##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele observations">
 19##INFO=<ID=ABA,Number=1,Type=Integer,Description="Alternate allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the alternate allele">
 20##INFO=<ID=AC,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
 21##INFO=<ID=AB,Number=1,Type=Float,Description="Allele balance at heterozygous sites: a number between 0 and 1 representing the ratio of reads showing the reference allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
 22##INFO=<ID=AF,Number=1,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1]">
 23##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
 24##INFO=<ID=ABR,Number=1,Type=Integer,Description="Reference allele balance count: the number of sequence reads from apparent heterozygotes supporting the reference allele">
 25##INFO=<ID=RUN,Number=1,Type=Integer,Description="Homopolymer run length: the number of consecutive nucleotides in the reference genome matching the alternate allele prior to the current position">
 26##INFO=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of reference observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
 27##INFO=<ID=CpG,Number=0,Type=Flag,Description="CpG site (either CpG, TpG or CpA)">
 28##INFO=<ID=MNP,Number=0,Type=Integer,Description="Length of MNP allele, if present">
 29##INFO=<ID=SNP,Number=0,Type=Flag,Description="SNP allele">
 30##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand bias for the alternate allele: a number between 0 and 1 representing the ratio of forward strand sequence reads showing the alternate allele to all reads, considering only reads from individuals called as heterozygous">
 31##INFO=<ID=SA,Number=1,Type=Integer,Description="Number of alternate observations by strand, delimited by |: [forward]|[reverse]">
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13020	66060	.	C	T	6.42	PASS	NS=324;DP=1304;AC=1;AN=648;AF=0.0015432;RA=1297;AA=3;SR=613|684;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
13120	66248	.	C	T	12.0	PASS	NS=288;DP=1080;AC=1;AN=576;AF=0.0017361;RA=1074;AA=2;SR=440|634;SA=2|0;SB=1;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
13220	66370	rs6054257	G	A	99.0	PASS	NS=262;DP=824;AC=404;AN=524;AF=0.77099;RA=185;AA=629;SR=79|106;SA=267|362;SB=0.42448;AB=0.55801;ABR=101;ABA=79;RUN=1;SNP;TS
13320	66388	.	C	T	0.809	PASS	NS=269;DP=809;AC=1;AN=538;AF=0.0018587;RA=798;AA=3;SR=351|447;SA=1|2;SB=0.33333;AB=0.6;ABR=3;ABA=2;RUN=2;SNP;TS
13420	66620	.	C	T	2.19	PASS	NS=338;DP=1326;AC=1;AN=676;AF=0.0014793;RA=1319;AA=3;SR=634|685;SA=2|1;SB=0.66667;AB=0.71429;ABR=5;ABA=2;RUN=4;SNP;TS
13520	66705	.	C	T	4.94	PASS	NS=292;DP=835;AC=8;AN=584;AF=0.013699;RA=819;AA=10;SR=483|336;SA=3|7;SB=0.3;AB=0.5;ABR=6;ABA=6;RUN=1;SNP;TS
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19520	69951	.	A	T	0.159	PASS	NS=354;DP=1819;AC=2;AN=708;AF=0.0028249;RA=1810;AA=8;SR=774|1036;SA=6|2;SB=0.75;AB=0.78571;ABR=11;ABA=3;RUN=4;SNP;TV
19620	69966	.	T	C	0.661	PASS	NS=351;DP=1768;AC=2;AN=702;AF=0.002849;RA=1762;AA=4;SR=773|989;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.76923;ABR=10;ABA=3;RUN=1;SNP;TS;CpG
19720	70470	.	A	G	4.57	PASS	NS=359;DP=1690;AC=1;AN=718;AF=0.0013928;RA=1681;AA=2;SR=1065|616;SA=1|1;SB=0.5;AB=0.66667;ABR=4;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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25320	73858	.	C	T	96.7	PASS	NS=341;DP=1497;AC=9;AN=682;AF=0.013196;RA=1483;AA=13;SR=916|567;SA=8|5;SB=0.61538;AB=0.64516;ABR=20;ABA=11;RUN=1;SNP;TS
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25720	74053	.	A	T	6.52	PASS	NS=366;DP=2231;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2219;AA=4;SR=1326|893;SA=2|2;SB=0.5;AB=0.5;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
25820	74073	.	T	A	0.0672	PASS	NS=365;DP=2246;AC=1;AN=730;AF=0.0013699;RA=2237;AA=2;SR=1302|935;SA=2|0;SB=1;AB=0.4;ABR=2;ABA=2;RUN=1;SNP;TV
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26020	74232	.	T	C	0.106	PASS	NS=366;DP=2368;AC=1;AN=732;AF=0.0013661;RA=2348;AA=6;SR=1206|1142;SA=5|1;SB=0.83333;AB=0.75;ABR=6;ABA=2;RUN=1;SNP;TS
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