PageRenderTime 51ms CodeModel.GetById 24ms RepoModel.GetById 0ms app.codeStats 0ms

/src/bwa-0.7.10/Makefile

https://gitlab.com/smilefreak/ancient_dna_pipeline
Makefile | 79 lines | 67 code | 10 blank | 2 comment | 0 complexity | db07e8f04e91d8def31f19e65b7e07e9 MD5 | raw file
    

  1. CC=			gcc
    2. 

  2. #CC=			clang --analyze
    3. 

  3. CFLAGS=		-g -Wall -Wno-unused-function -O2
    4. 

  4. WRAP_MALLOC=-DUSE_MALLOC_WRAPPERS
    5. 

  5. AR=			ar
    6. 

  6. DFLAGS=		-DHAVE_PTHREAD $(WRAP_MALLOC)
    7. 

  7. LOBJS=		utils.o kthread.o kstring.o ksw.o bwt.o bntseq.o bwa.o bwamem.o bwamem_pair.o bwamem_extra.o malloc_wrap.o
    8. 

  8. AOBJS=		QSufSort.o bwt_gen.o bwase.o bwaseqio.o bwtgap.o bwtaln.o bamlite.o \
    9. 

  9. 			is.o bwtindex.o bwape.o kopen.o pemerge.o \
    10. 

  10. 			bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o \
    11. 

  11. 			bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o
    12. 

  12. PROG=		bwa
    13. 

  13. INCLUDES=	
    14. 

  14. LIBS=		-lm -lz -lpthread
    15. 

  15. SUBDIRS=	.
    16. 

  16. 

  17. .SUFFIXES:.c .o .cc
    18. 

  18. 

  19. .c.o:
    20. 

  20. 		$(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
    21. 

  21. 

  22. all:$(PROG)
    23. 

  23. 

  24. bwa:libbwa.a $(AOBJS) main.o
    25. 

  25. 		$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(AOBJS) main.o -o $@ -L. -lbwa $(LIBS)
    26. 

  26. 

  27. bwamem-lite:libbwa.a example.o
    28. 

  28. 		$(CC) $(CFLAGS) $(DFLAGS) example.o -o $@ -L. -lbwa $(LIBS)
    29. 

  29. 

  30. libbwa.a:$(LOBJS)
    31. 

  31. 		$(AR) -csru $@ $(LOBJS)
    32. 

  32. 

  33. clean:
    34. 

  34. 		rm -f gmon.out *.o a.out $(PROG) *~ *.a
    35. 

  35. 

  36. depend:
    37. 

  37. 	( LC_ALL=C ; export LC_ALL; makedepend -Y -- $(CFLAGS) $(DFLAGS) -- *.c )
    38. 

  38. 

  39. # DO NOT DELETE THIS LINE -- make depend depends on it.
    40. 

  40. 

  41. QSufSort.o: QSufSort.h
    42. 

  42. bamlite.o: bamlite.h malloc_wrap.h
    43. 

  43. bntseq.o: bntseq.h utils.h kseq.h malloc_wrap.h
    44. 

  44. bwa.o: bntseq.h bwa.h bwt.h ksw.h utils.h kstring.h malloc_wrap.h kseq.h
    45. 

  45. bwamem.o: kstring.h malloc_wrap.h bwamem.h bwt.h bntseq.h bwa.h ksw.h kvec.h
    46. 

  46. bwamem.o: ksort.h utils.h kbtree.h
    47. 

  47. bwamem_extra.o: bwa.h bntseq.h bwt.h bwamem.h kstring.h malloc_wrap.h
    48. 

  48. bwamem_pair.o: kstring.h malloc_wrap.h bwamem.h bwt.h bntseq.h bwa.h kvec.h
    49. 

  49. bwamem_pair.o: utils.h ksw.h
    50. 

  50. bwape.o: bwtaln.h bwt.h kvec.h malloc_wrap.h bntseq.h utils.h bwase.h bwa.h
    51. 

  51. bwape.o: ksw.h khash.h
    52. 

  52. bwase.o: bwase.h bntseq.h bwt.h bwtaln.h utils.h kstring.h malloc_wrap.h
    53. 

  53. bwase.o: bwa.h ksw.h
    54. 

  54. bwaseqio.o: bwtaln.h bwt.h utils.h bamlite.h malloc_wrap.h kseq.h
    55. 

  55. bwt.o: utils.h bwt.h kvec.h malloc_wrap.h
    56. 

  56. bwt_gen.o: QSufSort.h malloc_wrap.h
    57. 

  57. bwt_lite.o: bwt_lite.h malloc_wrap.h
    58. 

  58. bwtaln.o: bwtaln.h bwt.h bwtgap.h utils.h bwa.h bntseq.h malloc_wrap.h
    59. 

  59. bwtgap.o: bwtgap.h bwt.h bwtaln.h malloc_wrap.h
    60. 

  60. bwtindex.o: bntseq.h bwt.h utils.h malloc_wrap.h
    61. 

  61. bwtsw2_aux.o: bntseq.h bwt_lite.h utils.h bwtsw2.h bwt.h kstring.h
    62. 

  62. bwtsw2_aux.o: malloc_wrap.h bwa.h ksw.h kseq.h ksort.h
    63. 

  63. bwtsw2_chain.o: bwtsw2.h bntseq.h bwt_lite.h bwt.h malloc_wrap.h ksort.h
    64. 

  64. bwtsw2_core.o: bwt_lite.h bwtsw2.h bntseq.h bwt.h kvec.h malloc_wrap.h
    65. 

  65. bwtsw2_core.o: khash.h ksort.h
    66. 

  66. bwtsw2_main.o: bwt.h bwtsw2.h bntseq.h bwt_lite.h utils.h bwa.h
    67. 

  67. bwtsw2_pair.o: utils.h bwt.h bntseq.h bwtsw2.h bwt_lite.h kstring.h
    68. 

  68. bwtsw2_pair.o: malloc_wrap.h ksw.h
    69. 

  69. example.o: bwamem.h bwt.h bntseq.h bwa.h kseq.h malloc_wrap.h
    70. 

  70. fastmap.o: bwa.h bntseq.h bwt.h bwamem.h kvec.h malloc_wrap.h utils.h kseq.h
    71. 

  71. is.o: malloc_wrap.h
    72. 

  72. kopen.o: malloc_wrap.h
    73. 

  73. kstring.o: kstring.h malloc_wrap.h
    74. 

  74. ksw.o: ksw.h malloc_wrap.h
    75. 

  75. main.o: kstring.h malloc_wrap.h utils.h
    76. 

  76. malloc_wrap.o: malloc_wrap.h
    77. 

  77. pemerge.o: ksw.h kseq.h malloc_wrap.h kstring.h bwa.h bntseq.h bwt.h utils.h
    78. 

  78. test-extend.o: ksw.h
    79. 

  79. utils.o: utils.h ksort.h malloc_wrap.h kseq.h
    80. 

  80.