/cons_test/update_plots.R

http://github.com/sbotond/phylosim · R · 39 lines · 22 code · 13 blank · 4 comment · 0 complexity · 4df0b3f888b0bc0c6d3ec82754da8426 MD5 · raw file 

    

  1. #!/usr/bin/env Rscript
    2. 

  2. 

  3. source("common.R");
    4. 

  4. 

  5. 

  6. # F84 model parameters:
    7. 

  7. f84.true.kappa<-1;
    8. 

  8. f84.true.base.freqs<-c(1.5/6,1.25/6,1.5/6,1.25/6);
    9. 

  9. f84.true.gamma.shape<-0.5;
    10. 

  10. 

  11. # model parameters:
    12. 

  12. wag.true.gamma.shape<-0.1;
    13. 

  13. 

  14. # GY94 model parameters:
    15. 

  15. gy94.true.omega<-2;
    16. 

  16. gy94.true.kappa<-4;
    17. 

  17. 

  18. 

  19. source("nucleotide_funcs.R");
    20. 

  20. res<-read.table(file="results/constest_nucleotide.tab");
    21. 

  21. pdf("results/constest_nucleotide.pdf");
    22. 

  22. plot_dframe(res,tree);
    23. 

  23. dev.off();
    24. 

  24. 

  25. source("aa_funcs.R");
    26. 

  26. res<-read.table(file="results/constest_aa.tab");
    27. 

  27. pdf("results/constest_aa.pdf");
    28. 

  28. plot_dframe(res,tree);
    29. 

  29. dev.off();
    30. 

  30. 

  31. source("codon_funcs.R");
    32. 

  32. res<-read.table(file="results/constest_codon.tab");
    33. 

  33. pdf("results/constest_codon.pdf");
    34. 

  34. plot_dframe(res,tree);
    35. 

  35. dev.off();
    36.