PageRenderTime 50ms CodeModel.GetById 44ms app.highlight 3ms RepoModel.GetById 1ms app.codeStats 1ms

/cons_test/results/constest_aa.log

http://github.com/sbotond/phylosim
Unknown | 449 lines | 419 code | 30 blank | 0 comment | 0 complexity | 2167977746f390937b7e6471472abdd7 MD5 | raw file
  1
  2R version 2.14.1 (2011-12-22)
  3Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
  4ISBN 3-900051-07-0
  5Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
  6
  7R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
  8You are welcome to redistribute it under certain conditions.
  9Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
 10
 11  Natural language support but running in an English locale
 12
 13R is a collaborative project with many contributors.
 14Type 'contributors()' for more information and
 15'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
 16
 17Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
 18'help.start()' for an HTML browser interface to help.
 19Type 'q()' to quit R.
 20
 21> #!/usr/bin/env Rscript
 22> 
 23> source("common.R");
 24Loading required package: R.oo
 25Loading required package: R.methodsS3
 26R.methodsS3 v1.2.1 (2010-09-18) successfully loaded. See ?R.methodsS3 for help.
 27R.oo v1.8.3 (2011-11-01) successfully loaded. See ?R.oo for help.
 28
 29Attaching package: ‘R.oo’
 30
 31The following object(s) are masked from ‘package:R.methodsS3’:
 32
 33    throw.default
 34
 35The following object(s) are masked from ‘package:methods’:
 36
 37    getClass, getClasses, getMethods
 38
 39The following object(s) are masked from ‘package:base’:
 40
 41    attach, detach, environment, gc, load, save
 42
 43Loading required package: ape
 44Loading required package: compoisson
 45Loading required package: MASS
 46Loading required package: ggplot2
 47processor	: 0
 48vendor_id	: GenuineIntel
 49cpu family	: 6
 50model		: 26
 51model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
 52stepping	: 5
 53cpu MHz		: 2400.151
 54cache size	: 8192 KB
 55physical id	: 1
 56siblings	: 8
 57core id		: 0
 58cpu cores	: 4
 59apicid		: 16
 60fpu		: yes
 61fpu_exception	: yes
 62cpuid level	: 11
 63wp		: yes
 64flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
 65bogomips	: 4800.30
 66clflush size	: 64
 67cache_alignment	: 64
 68address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
 69power management: [8]
 70
 71processor	: 1
 72vendor_id	: GenuineIntel
 73cpu family	: 6
 74model		: 26
 75model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
 76stepping	: 5
 77cpu MHz		: 2400.151
 78cache size	: 8192 KB
 79physical id	: 0
 80siblings	: 8
 81core id		: 0
 82cpu cores	: 4
 83apicid		: 0
 84fpu		: yes
 85fpu_exception	: yes
 86cpuid level	: 11
 87wp		: yes
 88flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
 89bogomips	: 4800.10
 90clflush size	: 64
 91cache_alignment	: 64
 92address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
 93power management: [8]
 94
 95processor	: 2
 96vendor_id	: GenuineIntel
 97cpu family	: 6
 98model		: 26
 99model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
100stepping	: 5
101cpu MHz		: 2400.151
102cache size	: 8192 KB
103physical id	: 1
104siblings	: 8
105core id		: 2
106cpu cores	: 4
107apicid		: 20
108fpu		: yes
109fpu_exception	: yes
110cpuid level	: 11
111wp		: yes
112flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
113bogomips	: 4800.14
114clflush size	: 64
115cache_alignment	: 64
116address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
117power management: [8]
118
119processor	: 3
120vendor_id	: GenuineIntel
121cpu family	: 6
122model		: 26
123model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
124stepping	: 5
125cpu MHz		: 2400.151
126cache size	: 8192 KB
127physical id	: 0
128siblings	: 8
129core id		: 2
130cpu cores	: 4
131apicid		: 4
132fpu		: yes
133fpu_exception	: yes
134cpuid level	: 11
135wp		: yes
136flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
137bogomips	: 4800.38
138clflush size	: 64
139cache_alignment	: 64
140address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
141power management: [8]
142
143processor	: 4
144vendor_id	: GenuineIntel
145cpu family	: 6
146model		: 26
147model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
148stepping	: 5
149cpu MHz		: 2400.151
150cache size	: 8192 KB
151physical id	: 1
152siblings	: 8
153core id		: 1
154cpu cores	: 4
155apicid		: 18
156fpu		: yes
157fpu_exception	: yes
158cpuid level	: 11
159wp		: yes
160flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
161bogomips	: 4800.13
162clflush size	: 64
163cache_alignment	: 64
164address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
165power management: [8]
166
167processor	: 5
168vendor_id	: GenuineIntel
169cpu family	: 6
170model		: 26
171model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
172stepping	: 5
173cpu MHz		: 2400.151
174cache size	: 8192 KB
175physical id	: 0
176siblings	: 8
177core id		: 1
178cpu cores	: 4
179apicid		: 2
180fpu		: yes
181fpu_exception	: yes
182cpuid level	: 11
183wp		: yes
184flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
185bogomips	: 4800.08
186clflush size	: 64
187cache_alignment	: 64
188address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
189power management: [8]
190
191processor	: 6
192vendor_id	: GenuineIntel
193cpu family	: 6
194model		: 26
195model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
196stepping	: 5
197cpu MHz		: 2400.151
198cache size	: 8192 KB
199physical id	: 1
200siblings	: 8
201core id		: 3
202cpu cores	: 4
203apicid		: 22
204fpu		: yes
205fpu_exception	: yes
206cpuid level	: 11
207wp		: yes
208flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
209bogomips	: 4800.39
210clflush size	: 64
211cache_alignment	: 64
212address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
213power management: [8]
214
215processor	: 7
216vendor_id	: GenuineIntel
217cpu family	: 6
218model		: 26
219model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
220stepping	: 5
221cpu MHz		: 2400.151
222cache size	: 8192 KB
223physical id	: 0
224siblings	: 8
225core id		: 3
226cpu cores	: 4
227apicid		: 6
228fpu		: yes
229fpu_exception	: yes
230cpuid level	: 11
231wp		: yes
232flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
233bogomips	: 4800.08
234clflush size	: 64
235cache_alignment	: 64
236address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
237power management: [8]
238
239processor	: 8
240vendor_id	: GenuineIntel
241cpu family	: 6
242model		: 26
243model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
244stepping	: 5
245cpu MHz		: 2400.151
246cache size	: 8192 KB
247physical id	: 1
248siblings	: 8
249core id		: 0
250cpu cores	: 4
251apicid		: 17
252fpu		: yes
253fpu_exception	: yes
254cpuid level	: 11
255wp		: yes
256flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
257bogomips	: 4800.13
258clflush size	: 64
259cache_alignment	: 64
260address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
261power management: [8]
262
263processor	: 9
264vendor_id	: GenuineIntel
265cpu family	: 6
266model		: 26
267model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
268stepping	: 5
269cpu MHz		: 2400.151
270cache size	: 8192 KB
271physical id	: 0
272siblings	: 8
273core id		: 0
274cpu cores	: 4
275apicid		: 1
276fpu		: yes
277fpu_exception	: yes
278cpuid level	: 11
279wp		: yes
280flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
281bogomips	: 4800.21
282clflush size	: 64
283cache_alignment	: 64
284address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
285power management: [8]
286
287processor	: 10
288vendor_id	: GenuineIntel
289cpu family	: 6
290model		: 26
291model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
292stepping	: 5
293cpu MHz		: 2400.151
294cache size	: 8192 KB
295physical id	: 1
296siblings	: 8
297core id		: 2
298cpu cores	: 4
299apicid		: 21
300fpu		: yes
301fpu_exception	: yes
302cpuid level	: 11
303wp		: yes
304flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
305bogomips	: 4800.40
306clflush size	: 64
307cache_alignment	: 64
308address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
309power management: [8]
310
311processor	: 11
312vendor_id	: GenuineIntel
313cpu family	: 6
314model		: 26
315model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
316stepping	: 5
317cpu MHz		: 2400.151
318cache size	: 8192 KB
319physical id	: 0
320siblings	: 8
321core id		: 2
322cpu cores	: 4
323apicid		: 5
324fpu		: yes
325fpu_exception	: yes
326cpuid level	: 11
327wp		: yes
328flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
329bogomips	: 4800.09
330clflush size	: 64
331cache_alignment	: 64
332address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
333power management: [8]
334
335processor	: 12
336vendor_id	: GenuineIntel
337cpu family	: 6
338model		: 26
339model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
340stepping	: 5
341cpu MHz		: 2400.151
342cache size	: 8192 KB
343physical id	: 1
344siblings	: 8
345core id		: 1
346cpu cores	: 4
347apicid		: 19
348fpu		: yes
349fpu_exception	: yes
350cpuid level	: 11
351wp		: yes
352flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
353bogomips	: 4800.43
354clflush size	: 64
355cache_alignment	: 64
356address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
357power management: [8]
358
359processor	: 13
360vendor_id	: GenuineIntel
361cpu family	: 6
362model		: 26
363model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
364stepping	: 5
365cpu MHz		: 2400.151
366cache size	: 8192 KB
367physical id	: 0
368siblings	: 8
369core id		: 1
370cpu cores	: 4
371apicid		: 3
372fpu		: yes
373fpu_exception	: yes
374cpuid level	: 11
375wp		: yes
376flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
377bogomips	: 4800.09
378clflush size	: 64
379cache_alignment	: 64
380address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
381power management: [8]
382
383processor	: 14
384vendor_id	: GenuineIntel
385cpu family	: 6
386model		: 26
387model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
388stepping	: 5
389cpu MHz		: 2400.151
390cache size	: 8192 KB
391physical id	: 1
392siblings	: 8
393core id		: 3
394cpu cores	: 4
395apicid		: 23
396fpu		: yes
397fpu_exception	: yes
398cpuid level	: 11
399wp		: yes
400flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
401bogomips	: 4800.12
402clflush size	: 64
403cache_alignment	: 64
404address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
405power management: [8]
406
407processor	: 15
408vendor_id	: GenuineIntel
409cpu family	: 6
410model		: 26
411model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
412stepping	: 5
413cpu MHz		: 2400.151
414cache size	: 8192 KB
415physical id	: 0
416siblings	: 8
417core id		: 3
418cpu cores	: 4
419apicid		: 7
420fpu		: yes
421fpu_exception	: yes
422cpuid level	: 11
423wp		: yes
424flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
425bogomips	: 4800.24
426clflush size	: 64
427cache_alignment	: 64
428address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
429power management: [8]
430
431> 
432> # model parameters:
433> wag.true.gamma.shape<-1;
434> 
435> source("aa_funcs.R");
436> 
437> res.bak<-iterate_seq_len(tree,length_range,reps,simulate_aa,estimate_aa);
438> res<-res_to_dframe(res.bak$res);
439> 
440> write.table(res,file="results/constest_aa.tab");
441> write.table(res.bak$times,file="results/times_aa.tab");
442> ttab<-print_times(res.bak$times,"results/ttab_aa.tab");
443> save_times_latex(ttab,"ttab_aa");
444[1] TRUE
445> 
446> pdf("results/constest_aa.pdf");
447> plot_dframe(res,tree)
448> 
449>