/cons_test/results/constest_aa.log

http://github.com/sbotond/phylosim · Unknown · 449 lines · 419 code · 30 blank · 0 comment · 0 complexity · 2167977746f390937b7e6471472abdd7 MD5 · raw file

  1. R version 2.14.1 (2011-12-22)
  2. Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
  3. ISBN 3-900051-07-0
  4. Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
  5. R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
  6. You are welcome to redistribute it under certain conditions.
  7. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
  8. Natural language support but running in an English locale
  9. R is a collaborative project with many contributors.
  10. Type 'contributors()' for more information and
  11. 'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
  12. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
  13. 'help.start()' for an HTML browser interface to help.
  14. Type 'q()' to quit R.
  15. > #!/usr/bin/env Rscript
  16. >
  17. > source("common.R");
  18. Loading required package: R.oo
  19. Loading required package: R.methodsS3
  20. R.methodsS3 v1.2.1 (2010-09-18) successfully loaded. See ?R.methodsS3 for help.
  21. R.oo v1.8.3 (2011-11-01) successfully loaded. See ?R.oo for help.
  22. Attaching package: R.oo
  23. The following object(s) are masked from package:R.methodsS3:
  24. throw.default
  25. The following object(s) are masked from package:methods:
  26. getClass, getClasses, getMethods
  27. The following object(s) are masked from package:base:
  28. attach, detach, environment, gc, load, save
  29. Loading required package: ape
  30. Loading required package: compoisson
  31. Loading required package: MASS
  32. Loading required package: ggplot2
  33. processor : 0
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  396. bogomips : 4800.24
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  401. >
  402. > # model parameters:
  403. > wag.true.gamma.shape<-1;
  404. >
  405. > source("aa_funcs.R");
  406. >
  407. > res.bak<-iterate_seq_len(tree,length_range,reps,simulate_aa,estimate_aa);
  408. > res<-res_to_dframe(res.bak$res);
  409. >
  410. > write.table(res,file="results/constest_aa.tab");
  411. > write.table(res.bak$times,file="results/times_aa.tab");
  412. > ttab<-print_times(res.bak$times,"results/ttab_aa.tab");
  413. > save_times_latex(ttab,"ttab_aa");
  414. [1] TRUE
  415. >
  416. > pdf("results/constest_aa.pdf");
  417. > plot_dframe(res,tree)
  418. >
  419. >