/cons_test/results/constest_aa.log

http://github.com/sbotond/phylosim · Unknown · 449 lines · 419 code · 30 blank · 0 comment · 0 complexity · 2167977746f390937b7e6471472abdd7 MD5 · raw file 

    

  1. R version 2.14.1 (2011-12-22)
    2. 

  2. Copyright (C) 2011 The R Foundation for Statistical Computing
    3. 

  3. ISBN 3-900051-07-0
    4. 

  4. Platform: x86_64-unknown-linux-gnu (64-bit)
    5. 

  5. 

  6. R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
    7. 

  7. You are welcome to redistribute it under certain conditions.
    8. 

  8. Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
    9. 

  9. 

  10.   Natural language support but running in an English locale
    11. 

  11. 

  12. R is a collaborative project with many contributors.
    13. 

  13. Type 'contributors()' for more information and
    14. 

  14. 'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
    15. 

  15. 

  16. Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
    17. 

  17. 'help.start()' for an HTML browser interface to help.
    18. 

  18. Type 'q()' to quit R.
    19. 

  19. 

  20. > #!/usr/bin/env Rscript
    21. 

  21. > 
    22. 

  22. > source("common.R");
    23. 

  23. Loading required package: R.oo
    24. 

  24. Loading required package: R.methodsS3
    25. 

  25. R.methodsS3 v1.2.1 (2010-09-18) successfully loaded. See ?R.methodsS3 for help.
    26. 

  26. R.oo v1.8.3 (2011-11-01) successfully loaded. See ?R.oo for help.
    27. 

  27. 

  28. Attaching package: ‘R.oo’
    29. 

  29. 

  30. The following object(s) are masked from ‘package:R.methodsS3’:
    31. 

  31. 

  32.     throw.default
    33. 

  33. 

  34. The following object(s) are masked from ‘package:methods’:
    35. 

  35. 

  36.     getClass, getClasses, getMethods
    37. 

  37. 

  38. The following object(s) are masked from ‘package:base’:
    39. 

  39. 

  40.     attach, detach, environment, gc, load, save
    41. 

  41. 

  42. Loading required package: ape
    43. 

  43. Loading required package: compoisson
    44. 

  44. Loading required package: MASS
    45. 

  45. Loading required package: ggplot2
    46. 

  46. processor	: 0
    47. 

  47. vendor_id	: GenuineIntel
    48. 

  48. cpu family	: 6
    49. 

  49. model		: 26
    50. 

  50. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    51. 

  51. stepping	: 5
    52. 

  52. cpu MHz		: 2400.151
    53. 

  53. cache size	: 8192 KB
    54. 

  54. physical id	: 1
    55. 

  55. siblings	: 8
    56. 

  56. core id		: 0
    57. 

  57. cpu cores	: 4
    58. 

  58. apicid		: 16
    59. 

  59. fpu		: yes
    60. 

  60. fpu_exception	: yes
    61. 

  61. cpuid level	: 11
    62. 

  62. wp		: yes
    63. 

  63. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    64. 

  64. bogomips	: 4800.30
    65. 

  65. clflush size	: 64
    66. 

  66. cache_alignment	: 64
    67. 

  67. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    68. 

  68. power management: [8]
    69. 

  69. 

  70. processor	: 1
    71. 

  71. vendor_id	: GenuineIntel
    72. 

  72. cpu family	: 6
    73. 

  73. model		: 26
    74. 

  74. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    75. 

  75. stepping	: 5
    76. 

  76. cpu MHz		: 2400.151
    77. 

  77. cache size	: 8192 KB
    78. 

  78. physical id	: 0
    79. 

  79. siblings	: 8
    80. 

  80. core id		: 0
    81. 

  81. cpu cores	: 4
    82. 

  82. apicid		: 0
    83. 

  83. fpu		: yes
    84. 

  84. fpu_exception	: yes
    85. 

  85. cpuid level	: 11
    86. 

  86. wp		: yes
    87. 

  87. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    88. 

  88. bogomips	: 4800.10
    89. 

  89. clflush size	: 64
    90. 

  90. cache_alignment	: 64
    91. 

  91. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    92. 

  92. power management: [8]
    93. 

  93. 

  94. processor	: 2
    95. 

  95. vendor_id	: GenuineIntel
    96. 

  96. cpu family	: 6
    97. 

  97. model		: 26
    98. 

  98. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    99. 

  99. stepping	: 5
    100. 

  100. cpu MHz		: 2400.151
    101. 

  101. cache size	: 8192 KB
    102. 

  102. physical id	: 1
    103. 

  103. siblings	: 8
    104. 

  104. core id		: 2
    105. 

  105. cpu cores	: 4
    106. 

  106. apicid		: 20
    107. 

  107. fpu		: yes
    108. 

  108. fpu_exception	: yes
    109. 

  109. cpuid level	: 11
    110. 

  110. wp		: yes
    111. 

  111. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    112. 

  112. bogomips	: 4800.14
    113. 

  113. clflush size	: 64
    114. 

  114. cache_alignment	: 64
    115. 

  115. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    116. 

  116. power management: [8]
    117. 

  117. 

  118. processor	: 3
    119. 

  119. vendor_id	: GenuineIntel
    120. 

  120. cpu family	: 6
    121. 

  121. model		: 26
    122. 

  122. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    123. 

  123. stepping	: 5
    124. 

  124. cpu MHz		: 2400.151
    125. 

  125. cache size	: 8192 KB
    126. 

  126. physical id	: 0
    127. 

  127. siblings	: 8
    128. 

  128. core id		: 2
    129. 

  129. cpu cores	: 4
    130. 

  130. apicid		: 4
    131. 

  131. fpu		: yes
    132. 

  132. fpu_exception	: yes
    133. 

  133. cpuid level	: 11
    134. 

  134. wp		: yes
    135. 

  135. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    136. 

  136. bogomips	: 4800.38
    137. 

  137. clflush size	: 64
    138. 

  138. cache_alignment	: 64
    139. 

  139. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    140. 

  140. power management: [8]
    141. 

  141. 

  142. processor	: 4
    143. 

  143. vendor_id	: GenuineIntel
    144. 

  144. cpu family	: 6
    145. 

  145. model		: 26
    146. 

  146. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    147. 

  147. stepping	: 5
    148. 

  148. cpu MHz		: 2400.151
    149. 

  149. cache size	: 8192 KB
    150. 

  150. physical id	: 1
    151. 

  151. siblings	: 8
    152. 

  152. core id		: 1
    153. 

  153. cpu cores	: 4
    154. 

  154. apicid		: 18
    155. 

  155. fpu		: yes
    156. 

  156. fpu_exception	: yes
    157. 

  157. cpuid level	: 11
    158. 

  158. wp		: yes
    159. 

  159. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    160. 

  160. bogomips	: 4800.13
    161. 

  161. clflush size	: 64
    162. 

  162. cache_alignment	: 64
    163. 

  163. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    164. 

  164. power management: [8]
    165. 

  165. 

  166. processor	: 5
    167. 

  167. vendor_id	: GenuineIntel
    168. 

  168. cpu family	: 6
    169. 

  169. model		: 26
    170. 

  170. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    171. 

  171. stepping	: 5
    172. 

  172. cpu MHz		: 2400.151
    173. 

  173. cache size	: 8192 KB
    174. 

  174. physical id	: 0
    175. 

  175. siblings	: 8
    176. 

  176. core id		: 1
    177. 

  177. cpu cores	: 4
    178. 

  178. apicid		: 2
    179. 

  179. fpu		: yes
    180. 

  180. fpu_exception	: yes
    181. 

  181. cpuid level	: 11
    182. 

  182. wp		: yes
    183. 

  183. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    184. 

  184. bogomips	: 4800.08
    185. 

  185. clflush size	: 64
    186. 

  186. cache_alignment	: 64
    187. 

  187. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    188. 

  188. power management: [8]
    189. 

  189. 

  190. processor	: 6
    191. 

  191. vendor_id	: GenuineIntel
    192. 

  192. cpu family	: 6
    193. 

  193. model		: 26
    194. 

  194. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    195. 

  195. stepping	: 5
    196. 

  196. cpu MHz		: 2400.151
    197. 

  197. cache size	: 8192 KB
    198. 

  198. physical id	: 1
    199. 

  199. siblings	: 8
    200. 

  200. core id		: 3
    201. 

  201. cpu cores	: 4
    202. 

  202. apicid		: 22
    203. 

  203. fpu		: yes
    204. 

  204. fpu_exception	: yes
    205. 

  205. cpuid level	: 11
    206. 

  206. wp		: yes
    207. 

  207. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    208. 

  208. bogomips	: 4800.39
    209. 

  209. clflush size	: 64
    210. 

  210. cache_alignment	: 64
    211. 

  211. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    212. 

  212. power management: [8]
    213. 

  213. 

  214. processor	: 7
    215. 

  215. vendor_id	: GenuineIntel
    216. 

  216. cpu family	: 6
    217. 

  217. model		: 26
    218. 

  218. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    219. 

  219. stepping	: 5
    220. 

  220. cpu MHz		: 2400.151
    221. 

  221. cache size	: 8192 KB
    222. 

  222. physical id	: 0
    223. 

  223. siblings	: 8
    224. 

  224. core id		: 3
    225. 

  225. cpu cores	: 4
    226. 

  226. apicid		: 6
    227. 

  227. fpu		: yes
    228. 

  228. fpu_exception	: yes
    229. 

  229. cpuid level	: 11
    230. 

  230. wp		: yes
    231. 

  231. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    232. 

  232. bogomips	: 4800.08
    233. 

  233. clflush size	: 64
    234. 

  234. cache_alignment	: 64
    235. 

  235. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    236. 

  236. power management: [8]
    237. 

  237. 

  238. processor	: 8
    239. 

  239. vendor_id	: GenuineIntel
    240. 

  240. cpu family	: 6
    241. 

  241. model		: 26
    242. 

  242. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    243. 

  243. stepping	: 5
    244. 

  244. cpu MHz		: 2400.151
    245. 

  245. cache size	: 8192 KB
    246. 

  246. physical id	: 1
    247. 

  247. siblings	: 8
    248. 

  248. core id		: 0
    249. 

  249. cpu cores	: 4
    250. 

  250. apicid		: 17
    251. 

  251. fpu		: yes
    252. 

  252. fpu_exception	: yes
    253. 

  253. cpuid level	: 11
    254. 

  254. wp		: yes
    255. 

  255. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    256. 

  256. bogomips	: 4800.13
    257. 

  257. clflush size	: 64
    258. 

  258. cache_alignment	: 64
    259. 

  259. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    260. 

  260. power management: [8]
    261. 

  261. 

  262. processor	: 9
    263. 

  263. vendor_id	: GenuineIntel
    264. 

  264. cpu family	: 6
    265. 

  265. model		: 26
    266. 

  266. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    267. 

  267. stepping	: 5
    268. 

  268. cpu MHz		: 2400.151
    269. 

  269. cache size	: 8192 KB
    270. 

  270. physical id	: 0
    271. 

  271. siblings	: 8
    272. 

  272. core id		: 0
    273. 

  273. cpu cores	: 4
    274. 

  274. apicid		: 1
    275. 

  275. fpu		: yes
    276. 

  276. fpu_exception	: yes
    277. 

  277. cpuid level	: 11
    278. 

  278. wp		: yes
    279. 

  279. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    280. 

  280. bogomips	: 4800.21
    281. 

  281. clflush size	: 64
    282. 

  282. cache_alignment	: 64
    283. 

  283. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    284. 

  284. power management: [8]
    285. 

  285. 

  286. processor	: 10
    287. 

  287. vendor_id	: GenuineIntel
    288. 

  288. cpu family	: 6
    289. 

  289. model		: 26
    290. 

  290. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    291. 

  291. stepping	: 5
    292. 

  292. cpu MHz		: 2400.151
    293. 

  293. cache size	: 8192 KB
    294. 

  294. physical id	: 1
    295. 

  295. siblings	: 8
    296. 

  296. core id		: 2
    297. 

  297. cpu cores	: 4
    298. 

  298. apicid		: 21
    299. 

  299. fpu		: yes
    300. 

  300. fpu_exception	: yes
    301. 

  301. cpuid level	: 11
    302. 

  302. wp		: yes
    303. 

  303. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    304. 

  304. bogomips	: 4800.40
    305. 

  305. clflush size	: 64
    306. 

  306. cache_alignment	: 64
    307. 

  307. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    308. 

  308. power management: [8]
    309. 

  309. 

  310. processor	: 11
    311. 

  311. vendor_id	: GenuineIntel
    312. 

  312. cpu family	: 6
    313. 

  313. model		: 26
    314. 

  314. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    315. 

  315. stepping	: 5
    316. 

  316. cpu MHz		: 2400.151
    317. 

  317. cache size	: 8192 KB
    318. 

  318. physical id	: 0
    319. 

  319. siblings	: 8
    320. 

  320. core id		: 2
    321. 

  321. cpu cores	: 4
    322. 

  322. apicid		: 5
    323. 

  323. fpu		: yes
    324. 

  324. fpu_exception	: yes
    325. 

  325. cpuid level	: 11
    326. 

  326. wp		: yes
    327. 

  327. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    328. 

  328. bogomips	: 4800.09
    329. 

  329. clflush size	: 64
    330. 

  330. cache_alignment	: 64
    331. 

  331. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    332. 

  332. power management: [8]
    333. 

  333. 

  334. processor	: 12
    335. 

  335. vendor_id	: GenuineIntel
    336. 

  336. cpu family	: 6
    337. 

  337. model		: 26
    338. 

  338. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    339. 

  339. stepping	: 5
    340. 

  340. cpu MHz		: 2400.151
    341. 

  341. cache size	: 8192 KB
    342. 

  342. physical id	: 1
    343. 

  343. siblings	: 8
    344. 

  344. core id		: 1
    345. 

  345. cpu cores	: 4
    346. 

  346. apicid		: 19
    347. 

  347. fpu		: yes
    348. 

  348. fpu_exception	: yes
    349. 

  349. cpuid level	: 11
    350. 

  350. wp		: yes
    351. 

  351. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    352. 

  352. bogomips	: 4800.43
    353. 

  353. clflush size	: 64
    354. 

  354. cache_alignment	: 64
    355. 

  355. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    356. 

  356. power management: [8]
    357. 

  357. 

  358. processor	: 13
    359. 

  359. vendor_id	: GenuineIntel
    360. 

  360. cpu family	: 6
    361. 

  361. model		: 26
    362. 

  362. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    363. 

  363. stepping	: 5
    364. 

  364. cpu MHz		: 2400.151
    365. 

  365. cache size	: 8192 KB
    366. 

  366. physical id	: 0
    367. 

  367. siblings	: 8
    368. 

  368. core id		: 1
    369. 

  369. cpu cores	: 4
    370. 

  370. apicid		: 3
    371. 

  371. fpu		: yes
    372. 

  372. fpu_exception	: yes
    373. 

  373. cpuid level	: 11
    374. 

  374. wp		: yes
    375. 

  375. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    376. 

  376. bogomips	: 4800.09
    377. 

  377. clflush size	: 64
    378. 

  378. cache_alignment	: 64
    379. 

  379. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    380. 

  380. power management: [8]
    381. 

  381. 

  382. processor	: 14
    383. 

  383. vendor_id	: GenuineIntel
    384. 

  384. cpu family	: 6
    385. 

  385. model		: 26
    386. 

  386. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    387. 

  387. stepping	: 5
    388. 

  388. cpu MHz		: 2400.151
    389. 

  389. cache size	: 8192 KB
    390. 

  390. physical id	: 1
    391. 

  391. siblings	: 8
    392. 

  392. core id		: 3
    393. 

  393. cpu cores	: 4
    394. 

  394. apicid		: 23
    395. 

  395. fpu		: yes
    396. 

  396. fpu_exception	: yes
    397. 

  397. cpuid level	: 11
    398. 

  398. wp		: yes
    399. 

  399. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    400. 

  400. bogomips	: 4800.12
    401. 

  401. clflush size	: 64
    402. 

  402. cache_alignment	: 64
    403. 

  403. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    404. 

  404. power management: [8]
    405. 

  405. 

  406. processor	: 15
    407. 

  407. vendor_id	: GenuineIntel
    408. 

  408. cpu family	: 6
    409. 

  409. model		: 26
    410. 

  410. model name	: Intel(R) Xeon(R) CPU           E5530  @ 2.40GHz
    411. 

  411. stepping	: 5
    412. 

  412. cpu MHz		: 2400.151
    413. 

  413. cache size	: 8192 KB
    414. 

  414. physical id	: 0
    415. 

  415. siblings	: 8
    416. 

  416. core id		: 3
    417. 

  417. cpu cores	: 4
    418. 

  418. apicid		: 7
    419. 

  419. fpu		: yes
    420. 

  420. fpu_exception	: yes
    421. 

  421. cpuid level	: 11
    422. 

  422. wp		: yes
    423. 

  423. flags		: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss ht tm syscall nx rdtscp lm constant_tsc ida nonstop_tsc pni monitor ds_cpl vmx est tm2 ssse3 cx16 xtpr sse4_1 sse4_2 popcnt lahf_lm
    424. 

  424. bogomips	: 4800.24
    425. 

  425. clflush size	: 64
    426. 

  426. cache_alignment	: 64
    427. 

  427. address sizes	: 40 bits physical, 48 bits virtual
    428. 

  428. power management: [8]
    429. 

  429. 

  430. > 
    431. 

  431. > # model parameters:
    432. 

  432. > wag.true.gamma.shape<-1;
    433. 

  433. > 
    434. 

  434. > source("aa_funcs.R");
    435. 

  435. > 
    436. 

  436. > res.bak<-iterate_seq_len(tree,length_range,reps,simulate_aa,estimate_aa);
    437. 

  437. > res<-res_to_dframe(res.bak$res);
    438. 

  438. > 
    439. 

  439. > write.table(res,file="results/constest_aa.tab");
    440. 

  440. > write.table(res.bak$times,file="results/times_aa.tab");
    441. 

  441. > ttab<-print_times(res.bak$times,"results/ttab_aa.tab");
    442. 

  442. > save_times_latex(ttab,"ttab_aa");
    443. 

  443. [1] TRUE
    444. 

  444. > 
    445. 

  445. > pdf("results/constest_aa.pdf");
    446. 

  446. > plot_dframe(res,tree)
    447. 

  447. > 
    448. 

  448. >
    449.